Nguyên tắc chung áp dụng ưu đãi thuế TNDN chi tiết

Kế toán cần lưu ý gì về các loại ưu đãi thuế TNDN để hỗ trợ cho các nhà đầu tư trước khi đưa ra quyết định đầu tư, cũng như cần lưu ý những gì để đảm bảo việc áp dụng ưu đãi thuế TNDN trong quá trình doanh nghiệp hoạt động là tuân thủ theo quy định hiện hành?  Bài viết này sẽ trình bày tới bạn đọc các nguyên tắc chung để áp dụng ưu đãi thuế TNDN.

1. Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN

Theo Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, điều kiện áp dụng ưu đãi thuế TNDN như sau:

Nguyên tắc áp dụng ưu đãi

• Ưu đãi thuế chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế theo phương pháp kê khai.
• Đồng thời, ưu đãi theo diện dự án đầu tư mới không áp dụng đối với các trường hợp hình thành từ tái cấu trúc như sáp nhập, chia tách, chuyển đổi loại hình hoặc chuyển đổi chủ sở hữu.

Điều kiện đối với dự án đầu tư mới

• Dự án đầu tư mới phải có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư chấp thuận chủ trương đầu tư, cho phép đầu tư; hoặc (nếu không thuộc diện cấp phép) được xác định là dự án đầu tư mới căn cứ Báo cáo thực hiện dự án đầu tư gửi cơ quan đăng ký đầu tư.
• Các trường hợp: Sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp; Chuyển đổi chủ sở hữu; mua lại dự án đang hoạt động Hoặc đầu tư mới nhưng kế thừa tài sản, địa điểm, ngành nghề của doanh nghiệp cũ sẽ không được coi là dự án đầu tư mới để hưởng ưu đãi.
• Doanh nghiệp chỉ được hưởng ưu đãi đối với phần thu nhập đáp ứng đúng điều kiện ghi trên giấy phép.
• Một số khoản thu nhập không thuộc diện ưu đãi bao gồm: thu nhập từ chuyển nhượng vốn, bất động sản, hoạt động tại nước ngoài, khai thác tài nguyên, hoặc các hoạt động không liên quan đến lĩnh vực được ưu đãi.

Hạch toán riêng thu nhập được ưu đãi

• Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được ưu đãi và không được ưu đãi.
• Trong trường hợp không thể tách riêng, thu nhập ưu đãi sẽ được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí được trừ, hoặc phân bổ theo tỷ lệ tương ứng giữa các hoạt động.

Chọn mức ưu đãi có lợi nhất và áp dụng nhất quán

• Khi cùng một khoản thu nhập đáp ứng nhiều điều kiện ưu đãi, doanh nghiệp được lựa chọn mức ưu đãi có lợi nhất.
• Tuy nhiên, thời gian ưu đãi đã hưởng trước đó sẽ bị trừ khi chuyển sang ưu đãi mới. Doanh nghiệp cũng cần lưu ý phải áp dụng nhất quán một hình thức ưu đãi trong suốt thời gian còn lại.

Ưu đãi gắn với nghành nghề và địa bàn

• Thu nhập từ sản phẩm sản xuất tại địa bàn ưu đãi vẫn được hưởng ưu đãi kể cả khi tiêu thụ ngoài địa bàn.
• Đối với hoạt động dịch vụ, thương mại, ưu đãi chỉ áp dụng cho thu nhập phát sinh tại địa bàn ưu đãi. Hoạt động vận tải được xác định theo địa bàn dự án và tuyến vận chuyển.
• Ưu đãi đối với doanh nghiệp công nghệ cao: Doanh nghiệp công nghệ cao chỉ được hưởng ưu đãi đối với thu nhập từ hoạt động công nghệ cao, nghiên cứu và phát triển (R&D) và các hoạt động liên quan trực tiếp.
• Thu nhập trong lĩnh vực nông, lâm, ngư, diêm nghiệp: Thu nhập được ưu đãi bao gồm cả các khoản phát sinh như thanh lý sản phẩm, bán phế liệu, phế phẩm trong quá trình sản xuất của lĩnh vực này.
• Thay đổi chính sách pháp luật: Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo pháp luật tại thời điểm cấp phép/GCNĐKĐT.
  • Nếu pháp luật thuế TNDN thay đổi và doanh nghiệp đáp ứng điều kiện ưu đãi theo quy định mới, thì được lựa chọn hưởng ưu đãi theo quy định cũ hoặc mới cho thời gian còn lại từ kỳ tính thuế 2025.
  • Dự án trước đây không được ưu đãi nhưng theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP đủ điều kiện ưu đãi thì được áp dụng ưu đãi cho thời gian còn lại từ năm 2025.

Duy trì đủ điều kiện trong suốt thời gian ưu đãi:

• Thời điểm bắt đầu hưởng ưu đãi: Đối với dự án có năm đầu phát sinh doanh thu dưới 12 tháng, doanh nghiệp được lựa chọn bắt đầu hưởng ưu đãi ngay trong năm đầu hoặc từ năm tiếp theo.
  • Áp dụng tương tự với doanh nghiệp công nghệ cao, nông nghiệp công nghệ cao, khoa học & công nghệ.
  • Trường hợp có thay đổi kỳ tính thuế, doanh nghiệp cũng có quyền lựa chọn áp dụng ưu đãi trong năm chuyển đổi hoặc chuyển sang năm sau.
• Kế thừa ưu đãi khi tổ chức lại doanh nghiệp: Doanh nghiệp hình thành từ quá trình tái cơ cấu vẫn được kế thừa ưu đãi thuế và lỗ chưa kết chuyển, với điều kiện tiếp tục đáp ứng các tiêu chí ưu đãi theo quy định.
• Không đáp ứng điều kiện ưu đãi: Nếu trong kỳ tính thuế doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện, thì phải áp dụng thuế suất phổ thông 20% và không được hưởng ưu đãi trong năm đó.
  • Đối với một số dự án đặc thù, nếu sau thời hạn nhất định kể từ khi cấp phép hoặc từ năm có doanh thu mà không đáp ứng điều kiện ưu đãi, thì Không được hưởng ưu đãi và phải kê khai, nộp lại số thuế đã được ưu đãi trước đó (không bị coi là khai sai thuế).

2. Các hoạt động không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN 

Căn cứ theo quy định tại Luật thuế TNDN 2025, các hoạt động không được áp dụng ưu đãi thuế TNDN bao gồm:

• Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo diện dự án đầu tư mới không áp dụng đối với các trường hợp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi chủ sở hữu, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp và trường hợp khác do Chính phủ quy định.
• Thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, trừ thu nhập từ đầu tư xây dựng nhà ở xã hội quy định tại điểm s khoản 2 Điều 12 của Luật thuế TNDN 2025
• Thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư (trừ chuyển nhượng dự án chế biến khoáng sản), chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác, chế biến khoáng sản;
• Thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ở ngoài Việt Nam;
• Thu nhập từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí, tài nguyên quý hiếm khác và thu nhập từ hoạt động thăm dò, khai thác khoáng sản;
• Thu nhập từ sản xuất, kinh doanh trò chơi điện tử trên mạng; thu nhập từ sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ dự án sản xuất, lắp ráp ô tô, máy bay, trực thăng, tàu lượn, du thuyền, lọc hóa dầu;
• Trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ.

3. Các hướng dẫn của Cơ quan thuế liên quan đến nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN

Dưới đây là tổng hợp chi tiết và cụ thể các hướng dẫn của Cơ quan thuế tại 03 Công văn, gắn với từng tình huống thực tế mà doanh nghiệp gặp phải:

Công văn 2191/CT-CS: Hướng dẫn xác định thời gian ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận Khoa học và Công nghệ (KHCN)

Công văn này hướng dẫn cụ thể cho 02 nhóm trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận KHCN, dựa trên căn cứ pháp lý cấp Giấy:

Trường hợp 1: Doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận KHCN theo Luật Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo 2025

• Mức ưu đãi được hưởng: Doanh nghiệp được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025, cụ thể:
  • Thuế suất 10% trong 15 năm
  • Miễn thuế 4 năm
  • Giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo

Trường hợp 2: Doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận KHCN theo Nghị định 13/2019/NĐ-CP

• Mức ưu đãi được hưởng: Áp dụng ưu đãi thuế TNDN theo quy định tại Nghị định 13/2019/NĐ-CP và Thông tư 03/2021/TT-BTC:
  • Miễn thuế 4 năm
  • Giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo
  • Không có mức thuế suất ưu đãi 10% trong 15 năm.

Tình huống thực tế minh họa trong Công văn 2191/CT-CS:

Bối cảnh: Công ty được Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Ninh Bình cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN ngày 09/10/2025 (sau ngày Luật KHCN và ĐMST 2025 có hiệu lực), nhưng điều kiện và thủ tục cấp Giấy vẫn thực hiện theo Nghị định 13/2019/NĐ-CP. Trước đó (từ năm 2008 đến 2021), Công ty đã hưởng ưu đãi thuế TNDN theo điều kiện khác với mức thuế suất 10% trong 15 năm, miễn thuế 4 năm và giảm 50% trong 9 năm tiếp theo theo Luật Thuế TNDN 2008.

Hướng dẫn xử lý của Cơ quan thuế:

• Về mức ưu đãi áp dụng: Nếu Công ty không thực hiện cấp lại Giấy chứng nhận doanh nghiệp KHCN theo quy định tại Nghị định 268/2025/NĐ-CP, Công ty chỉ được hưởng ưu đãi theo Nghị định 13/2019/NĐ-CP (miễn thuế 4 năm và giảm 50% trong 9 năm tiếp theo).
• Về thời gian ưu đãi còn lại: Căn cứ điểm b khoản 2 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP, do Công ty đã hưởng đủ mức ưu đãi (thuế suất 10% – 15 năm; miễn 4 năm; giảm 50% trong 9 năm) theo điều kiện khác trước đó, nên Công ty không được tiếp tục hưởng ưu đãi theo diện doanh nghiệp KHCN từ năm 2025.

Công văn 1983/CT-CS: Hướng dẫn xác định thời điểm hưởng ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư mới

Công văn này được Cục Thuế ban hành ngày 03/4/2026 trả lời Công ty TNHH SEAH M&S Việt Nam, làm rõ 03 nội dung quan trọng liên quan đến dự án đầu tư mới tại khu công nghiệp:

Nội dung 1: Thời điểm bắt đầu tính thời gian miễn, giảm thuế

• Nguyên tắc chung: Thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi.
• Trường hợp đặc biệt – 3 năm đầu chưa có thu nhập chịu thuế: Nếu doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong 03 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới, thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư dự án đầu tư mới phát sinh doanh thu.

Nội dung 2: Xử lý thu nhập từ lãi tiền gửi có kỳ hạn

• Bản chất khoản thu nhập: Thu nhập từ lãi tiền gửi có kỳ hạn được xác định là thu nhập khác (theo khoản 7 Điều 7 Thông tư 78/2014/TT-BTC), bao gồm cả tiền lãi trả chậm, lãi trả góp, phí bảo lãnh tín dụng và các khoản phí khác trong hợp đồng cho vay vốn.
• Hệ quả về ưu đãi thuế: Khoản thu nhập này phải kê khai, nộp thuế và không được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế đối với thu nhập từ dự án đầu tư mới.

Nội dung 3: Hạch toán riêng thu nhập được ưu đãi và không được ưu đãi

• Yêu cầu bắt buộc: Công ty phải tính riêng thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được ưu đãi thuế và thu nhập được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng cho từng khoản thu nhập.
• Phương pháp phân bổ khi không hạch toán riêng được: Phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế được xác định theo công thức:

Thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế= Tổng thu nhập tính thuế nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.​

Công văn 415/VLO-QLDN3: Hướng dẫn nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN tại tỉnh Vĩnh Long

Công văn do Thuế tỉnh Vĩnh Long ban hành ngày 09/02/2026 trả lời Công ty Cổ phần Tân Cảng Giao Long, hệ thống hóa các nguyên tắc áp dụng ưu đãi theo Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 và Nghị định 320/2025/NĐ-CP:

Nội dung 1: Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế (Điều 18 Luật Thuế TNDN 2025)

• Điều kiện về kế toán, hóa đơn: Ưu đãi thuế TNDN chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế theo phương pháp kê khai.
• Yêu cầu hạch toán riêng: Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động được ưu đãi với hoạt động không được ưu đãi; trường hợp không hạch toán riêng được thì xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí.
• Hậu quả khi không đáp ứng điều kiện: Cơ quan có thẩm quyền sẽ truy thu thuế và xử phạt vi phạm theo quy định của pháp luật.

Nội dung 2: Nguyên tắc lựa chọn mức ưu đãi có lợi nhất (Khoản 2 Điều 23 Nghị định 320/2025/NĐ-CP)

• Bảo lưu ưu đãi đã được cấp: Doanh nghiệp có dự án đầu tư mới trước ngày Luật Thuế TNDN 2025 có hiệu lực mà còn đang trong thời gian hưởng ưu đãi (kể cả trường hợp chưa được hưởng theo quy định trước đó), được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại theo văn bản tại thời điểm cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư/được chấp thuận chủ trương đầu tư.
• Quyền chuyển sang ưu đãi mới có lợi hơn: Trường hợp mức ưu đãi tại Nghị định 320/2025/NĐ-CP cao hơn mức đang hưởng, doanh nghiệp được chuyển sang áp dụng ưu đãi theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP cho thời gian còn lại.
• Mốc tính: Thời gian còn lại được tính từ kỳ tính thuế năm 2025.

Lưu ý : Các hướng dẫn nêu trên được trích dẫn trực tiếp từ 03 Công văn của cơ quan thuế và áp dụng cho từng tình huống cụ thể của doanh nghiệp được hỏi. Do quy định pháp luật về thuế có thể có điều chỉnh và mỗi doanh nghiệp có đặc thù riêng, kế toán nên kiểm tra hiệu lực của các văn bản pháp luật liên quan và liên hệ trực tiếp với cơ quan thuế quản lý để được hướng dẫn chính xác cho trường hợp cụ thể.

Kết luận

ác điều kiện doanh nghiệp cần đáp ứng để có thể được hưởng ưu đãi thuế TNDN trong thực tế thì doanh nghiệp có thể dễ dàng xây dựng chiến lược tối ưu hóa về thuế cũng như tận dụng được lợi ích về dòng tiền có thể mang lại.

Hy vọng nội dung bài viết trên có thể mang tới cho bạn đọc cái nhìn tổng quan về ưu đãi thuế TNDN. Mời bạn đọc tiếp tục tìm hiểu chi tiết về các loại hình ưu đãi thuế TNDN theo lĩnh vực, theo địa bàn đối với dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng trên MISA AMIS.

Bên cạnh tổng hợp các kiến thức hữu ích về kế toán để giúp kế toán doanh nghiệp dễ dàng tìm hiểu trong quá trình công tác, MISA đồng thời phát triển phần mềm kế toán mang đến giải pháp quản trị tài chính kế toán tổng thể vừa đơn giản, thông minh vừa an toàn chính xác. Anh/Chị kế toán doanh nghiệp hãy đăng ký phần mềm kế toán online MISA AMIS để thực tế trải nghiệm một giải pháp với nhiều tính năng, tiện ích như:

• Hệ sinh thái kết nối:
  • Hoá đơn điện tử – cho phép xuất hoá đơn ngay trên phần mềm
  • Ngân hàng điện tử – cho phép lấy sổ phụ, đối chiếu và chuyển tiền ngay trên phần mềm
  • Cơ quan Thuế – cổng mTax cho phép nộp tờ khai, nộp thuế ngay trên phần mềm
  • Hệ thống quản trị bán hàng, nhân sự…
• Đầy đủ các nghiệp vụ kế toán: Đầy đủ 20 nghiệp vụ kế toán theo TT133 & TT99, từ Quỹ, Ngân hàng, Mua hàng, Bán hàng, Kho, Hóa đơn, Thuế, Giá thành,…
• Tự động nhập liệu: Tự động nhập liệu từ hóa đơn điện tử, nhập khẩu dữ liệu từ Excel giúp rút ngắn thời gian nhập chứng từ, tránh sai sót.
• Tự động tổng hợp số liệu và kết xuất báo cáo tài chính với hàng trăm biểu mẫu có sẵn giúp kế toán đáp ứng kịp thời yêu cầu của lãnh đạo
• ….

Tham khảo ngay bản demo phần mềm kế toán online MISA AMIS dùng thử miễn phí 15 ngày để quản lý công tác kế toán hiệu quả hơn.