Thông tư 89/2026/TT-BTC và tổng hợp các điểm mới về quản lý thuế từ 01/07/2026

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP. Thông tư bổ sung và làm rõ nhiều quy định quan trọng về giao dịch điện tử, khai và nộp thuế, hoàn thuế, quản lý nợ thuế cũng như trao đổi dữ liệu giữa cơ quan thuế với các cơ quan có liên quan.

Bài viết dưới đây MISA AMIS sẽ tổng hợp những điểm mới nổi bật của Thông tư 89/2026/TT-BTC mà doanh nghiệp và người nộp thuế cần lưu ý để thực hiện đúng quy định.

1. Tổng quan về Thông tư số 89/2026/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế

Thông tư 89/2026/TT-BTC là văn bản quy phạm pháp luật quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số nội dung của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP. Thông tư góp phần cụ thể hóa các quy định về quản lý thuế, tạo cơ sở thống nhất trong quá trình tổ chức thực hiện; được Bộ Tài chính ban hành và có hiệu lực từ ngày 01/07/2026.

» Tải file nội dung chi tiết Thông tư 89/2026/TT-BTC: TẠI ĐÂY

2. Phạm vi điều chỉnh của Thông tư 89/2026/TT-BTC

Thông tư 89/2026/TT-BTC thay thế thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn chi tiết các nội dung được giao trong Luật Quản lý thuế năm 2025 và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, tập trung vào các nhóm nội dung chính sau:

• Giao dịch điện tử trong quản lý thuế: Quy định về việc thực hiện các thủ tục và giao dịch điện tử giữa người nộp thuế với cơ quan thuế.
• Khai thuế và xác định nghĩa vụ thuế: Hướng dẫn về hồ sơ khai thuế, phương pháp tính thuế và nguyên tắc phân bổ nghĩa vụ thuế giữa các địa phương.
• Nộp thuế và quản lý nợ thuế: Quy định về thời hạn nộp thuế, gia hạn nộp thuế, xử lý tiền thuế nợ, tiền chậm nộp và các khoản tiền phạt theo quy định.
• Hoàn thuế, miễn, giảm và xóa nợ tiền thuế: Hướng dẫn trình tự, thủ tục, hồ sơ thực hiện hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế và xóa nợ tiền thuế.
• Kiểm tra và giám sát việc chấp hành pháp luật thuế: Quy định về hoạt động kiểm tra thuế, giám sát việc thực hiện nghĩa vụ thuế, phí và lệ phí.
• Trao đổi, kết nối dữ liệu: Hướng dẫn việc chia sẻ, kết nối và trao đổi thông tin giữa cơ quan thuế với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền thông qua phương thức điện tử nhằm nâng cao hiệu quả quản lý thuế.

3. Đối tượng áp dụng thông tư 89/2026/TT-BTC (thay thế thông tư 80/2021/TT-BTC)

Thông tư 89/2026/TT-BTC được áp dụng đối với các chủ thể sau:

• Người nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.
• Cơ quan thuế và công chức thuế thực hiện nhiệm vụ quản lý thuế.
• Cơ quan nhà nước, tổ chức và cá nhân có liên quan đến việc thực hiện các thủ tục và hoạt động quản lý thuế theo quy định của pháp luật.

4. Một số điểm mới nổi bật đáng lưu ý tại Thông tư 89/2026/TT-BTC

4.1. Đẩy mạnh giao dịch điện tử và kết nối, chia sẻ dữ liệu

Một trong những điểm mới đáng chú ý của Thông tư 89/2026/TT-BTC là tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý thuế, hướng tới xây dựng hệ thống quản lý thuế đồng bộ và hiện đại.

• Kết nối dữ liệu điện tử: Thông tư 89 quy định chi tiết về việc kết nối trao đổi thông tin, dữ liệu giữa cơ quan thuế với các cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền và các tổ chức, cá nhân liên quan bằng phương thức điện tử trong việc tiếp nhận và giải quyết thủ tục hành chính thuế
• Giao dịch điện tử toàn diện: Phạm vi điều chỉnh của Thông tư 89 đã tách riêng và nhấn mạnh nội dung về giao dịch điện tử trong quản lý thuế, thay vì lồng ghép chung như các quy định cũ.

4.2. Cập nhật một số khái niệm và quy định phù hợp với Luật Quản lý thuế 2025

Thông tư 89/2026/TT-BTC đồng thời sửa đổi, bổ sung một số khái niệm và nguyên tắc quản lý nhằm bảo đảm thống nhất với hệ thống pháp luật hiện hành.

• Định nghĩa về “Tỉnh”: Được hiểu theo quy định của Luật Tổ chức chính quyền địa phương số 72/2025/QH15, bao gồm tỉnh và thành phố trực thuộc trung ương. Trong khi đó, Thông tư 80/2021 sử dụng các khái niệm cũ hơn
• Phân bổ nghĩa vụ thuế: Thông tư 89 tiếp tục duy trì nguyên tắc người nộp thuế khai thuế tập trung tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nhưng xác định số thuế phải nộp cho từng địa phương được hưởng nguồn thu theo quy định mới của Luật 2025

4.3. Quy định chi tiết về các khoản thu mới

Bên cạnh việc cập nhật các quy định về giao dịch điện tử, Thông tư 89/2026/TT-BTC còn hướng dẫn chi tiết nhiều nội dung liên quan đến quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế.Cụ thể:

• Thông tư quy định rõ về khai thuế, tính thuế, phân bổ nghĩa vụ thuế và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước theo các quy định mới của Luật Quản lý thuế năm 2025.
• Đối với hoàn thuế, miễn thuế, giảm thuế và xóa nợ tiền thuế, Thông tư cập nhật thành phần hồ sơ, trình tự và thủ tục thực hiện theo mô hình quản lý thuế mới, tạo điều kiện thuận lợi hơn cho người nộp thuế trong quá trình giải quyết thủ tục hành chính.
• Ngoài ra, Thông tư cũng hoàn thiện các quy định về kiểm tra thuế và giám sát việc chấp hành pháp luật về thuế, phí và lệ phí, góp phần nâng cao hiệu quả quản lý, tăng cường tính minh bạch và phù hợp với định hướng hiện đại hóa ngành Thuế.

4.4. Thay đổi hệ thống mẫu biểu theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Bên cạnh việc hướng dẫn chi tiết Luật Quản lý thuế năm 2025, Thông tư 89/2026/TT-BTC còn cập nhật, bổ sung nhiều mẫu biểu quản lý thuế nhằm đáp ứng yêu cầu chuyển đổi số, đồng bộ với quy định pháp luật mới và nâng cao hiệu quả quản lý thuế.

Thay đổi nội dung các mẫu biểu về Phân bổ nghĩa vụ thuế:

Thông tư 89 cập nhật định nghĩa về “Tỉnh” dựa trên Luật Tổ chức chính quyền địa phương số 72/2025/QH15. Sự thay đổi này trực tiếp dẫn đến việc điều chỉnh các mẫu tờ khai liên quan đến:

• Khai thuế, tính thuế và phân bổ thuế cho các địa phương
• Doanh nghiệp có đơn vị phụ thuộc hoặc hoạt động kinh doanh đa địa bàn sẽ thực hiện phân bổ theo các đơn vị hành chính mới, đảm bảo tính thống nhất trong việc hạch toán nguồn thu ngân sách cho từng tỉnh/thành phố trực thuộc trung ương theo luật mới

Bổ sung các mẫu biểu phục vụ “Giám sát” việc thực hiện pháp luật thuế

Một điểm mới đáng chú ý của Thông tư 89 là bổ sung các mẫu văn bản phục vụ hoạt động giám sát việc thực hiện pháp luật về thuế, phí và lệ phí. So với Thông tư 80/2021/TT-BTC, phạm vi hướng dẫn không chỉ dừng lại ở công tác kiểm tra thuế mà còn mở rộng sang hoạt động giám sát tuân thủ.

Hệ thống mẫu văn bản về Kết nối và trao đổi dữ liệu điện tử

Thông tư 89/2026/TT-BTC lần đầu tiên hướng dẫn cụ thể các mẫu văn bản liên quan đến việc kết nối, trao đổi thông tin và dữ liệu điện tử giữa cơ quan thuế với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền, tổ chức và cá nhân có liên quan.

Việc chuẩn hóa các mẫu biểu này tạo cơ sở pháp lý cho quá trình chia sẻ dữ liệu giữa các cơ quan quản lý, đồng thời hỗ trợ người nộp thuế giảm bớt hồ sơ, giấy tờ phải cung cấp khi thực hiện các thủ tục như hoàn thuế, miễn thuế hoặc giảm thuế.

Chuẩn hóa mẫu biểu phục vụ giao dịch điện tử

Thông tư 89 tách riêng nội dung hướng dẫn về giao dịch điện tử trong quản lý thuế, kéo theo việc chuẩn hóa các mẫu tờ khai, thông báo và biểu mẫu điện tử tương ứng.

Các mẫu biểu được thiết kế theo hướng thống nhất với quy trình xử lý trên hệ thống quản lý thuế điện tử, tạo điều kiện để người nộp thuế thực hiện các thủ tục từ khai thuế, nộp thuế đến hoàn thuế hoàn toàn trên môi trường số, góp phần nâng cao tính minh bạch và giảm thời gian xử lý hồ sơ.

4.5. Chỉ được khai thuế TNCN theo Quý đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công từ 01/07/2026

Theo Điều 22 Thông tư 89/2026/TT-BTC, kể từ ngày 01/7/2026, đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công, tổ chức, cá nhân trả thu nhập chỉ thực hiện khai thuế thu nhập cá nhân theo quý và quyết toán thuế năm.

Điều 22. Khai thuế thu nhập cá nhân

1. Khai thuế thu nhập cá nhân đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công:

a) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khai theo quý và quyết toán năm như sau:

a.1) Trường hợp khai theo quý: Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thực hiện khai số thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ của cá nhân nhận thu nhập theo quý;

a.2) Trường hợp khai quyết toán năm:

a.2.1) Tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công có trách nhiệm quyết toán thuế và quyết toán thay cho các cá nhân có ủy quyền cho tổ chức, cá nhân trả thu nhập quyết toán thuế, không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế;

a.2.2) Trường hợp cá nhân là người lao động được điều chuyển từ tổ chức cũ đến tổ chức mới do tổ chức cũ thực hiện sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp hoặc tổ chức cũ và tổ chức mới trong cùng một hệ thống thì tổ chức mới có trách nhiệm quyết toán thay theo ủy quyền của cá nhân đối với cả phần thu nhập do tổ chức cũ chi trả và thu lại chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân do tổ chức cũ đã cấp cho người lao động (nếu có).

[…]

Theo đó:

• Khai thuế theo quý: Tổ chức, cá nhân trả thu nhập thực hiện khai số thuế thu nhập cá nhân đã khấu trừ của người lao động theo từng quý.
• Quyết toán thuế năm: Tổ chức, cá nhân trả thu nhập có trách nhiệm quyết toán thuế và quyết toán thay cho người lao động có ủy quyền, không phân biệt có hay không phát sinh số thuế đã khấu trừ trong năm.

Đối với trường hợp người lao động được điều chuyển do sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp hoặc điều chuyển giữa các đơn vị trong cùng hệ thống, đơn vị mới có trách nhiệm thực hiện quyết toán thuế thay theo ủy quyền của người lao động đối với toàn bộ thu nhập do cả đơn vị cũ và đơn vị mới chi trả, đồng thời thu hồi chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân do đơn vị cũ đã cấp (nếu có).

Như vậy, Thông tư 89/2026/TT-BTC đã bỏ quy định khai thuế thu nhập cá nhân theo tháng đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công. Từ ngày 01/7/2026, doanh nghiệp chỉ thực hiện khai thuế theo quý và quyết toán thuế năm, góp phần đơn giản hóa thủ tục hành chính và giảm tần suất kê khai cho đơn vị chi trả thu nhập.

…Tiếp tục cập nhật

Phần mềm kế toán online MISA AMIS sẵn sàng đáp ứng Thông tư 89/2026/TT-BTC

Việc liên tục cập nhật các quy định mới về thuế và kế toán đòi hỏi doanh nghiệp phải có công cụ hỗ trợ quản lý hiệu quả, hạn chế sai sót trong quá trình kê khai và thực hiện nghĩa vụ với cơ quan thuế. Phần mềm kế toán online MISA AMIS là giải pháp giúp doanh nghiệp tự động hóa nghiệp vụ kế toán, cập nhật kịp thời các quy định mới, đồng thời kết nối dữ liệu với hệ thống hóa đơn điện tử, ngân hàng và cơ quan thuế. Nhờ đó, doanh nghiệp có thể tối ưu quy trình kế toán, nâng cao độ chính xác trong hạch toán và tiết kiệm đáng kể thời gian xử lý công việc.

Quý doanh nghiệp quan tâm nhận ưu đãi & dùng thử MIỄN PHÍ đầy đủ tính năng phần mềm kế toán online MISA AMIS, vui lòng ĐĂNG KÝ tại: