Mất hóa đơn đầu vào: Mức phạt và cách xử lý cụ thể

Mất hóa đơn đầu vào là tình huống kế toán có thể gặp trong quá trình lưu trữ, kê khai và quản lý chứng từ. Tuy nhiên, không phải cứ mất hóa đơn là doanh nghiệp bị mất quyền khấu trừ thuế GTGT hoặc phải chịu cùng một mức phạt. Việc xử lý phụ thuộc vào loại hóa đơn, tình trạng kê khai, nguyên nhân mất và khả năng tra cứu, khôi phục dữ liệu. Bài viết dưới đây của phần mềm kế toán MISA AMIS Kế toán sẽ giúp doanh nghiệp hiểu rõ mức phạt, cách xử lý và mất hóa đơn đầu vào có được khấu trừ không theo quy định hiện hành.

1. Mức phạt mất hóa đơn bị phạt bao nhiêu? 

Mất hóa đơn đầu vào có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn. Mức phạt phụ thuộc vào tình trạng của hóa đơn tại thời điểm bị mất, việc hóa đơn đã kê khai thuế hay chưa, đối tượng làm mất hóa đơn và các tình tiết liên quan.

Theo quy định hiện hành, hành vi làm mất, cháy, hỏng hóa đơn được quy định chủ yếu tại Điều 26 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung qua các văn bản liên quan. Đối với hóa đơn mua của cơ quan thuế nhưng chưa lập, việc khai báo mất, cháy, hỏng được quy định tại Điều 25 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

1.1. Mất hóa đơn đã lập và đã kê khai thuế

Trường hợp hóa đơn đã lập, người bán đã kê khai, nộp thuế và người mua làm mất hóa đơn trong quá trình sử dụng, mức phạt có thể là:

• Từ 3.000.000 đồng đến 5.000.000 đồng nếu có tình tiết giảm nhẹ và đáp ứng các điều kiện theo khoản 2 Điều 26.
• Từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng nếu thuộc trường hợp quy định tại điểm b khoản 3 Điều 26 nhưng không có tình tiết giảm nhẹ.

Trường hợp người mua làm mất hóa đơn, cần có biên bản giữa người bán và người mua ghi nhận sự việc theo quy định.

1.2. Mất hóa đơn đã lập nhưng chưa kê khai thuế

Nếu hóa đơn đã được lập nhưng chưa khai thuế mà bị mất, các bên liên quan phải lập biên bản ghi nhận việc mất, cháy, hỏng hóa đơn.

Hành vi này bị phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng theo điểm c khoản 3 Điều 26 Nghị định 125/2020/NĐ-CP.

Lưu ý: Mức phạt cụ thể có thể thay đổi tùy theo tình tiết giảm nhẹ hoặc tăng nặng. Doanh nghiệp cần tuân thủ quy định về quản lý và lưu trữ hóa đơn để tránh các vi phạm và mức phạt không mong muốn.

1.3 Mất hóa đơn đã lập, đã khai thuế trong quá trình sử dụng hoặc lưu trữ

Trường hợp làm mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập và đã khai thuế trong quá trình sử dụng hoặc trong thời gian lưu trữ, nếu không thuộc các trường hợp được quy định tại khoản 1, khoản 2 và khoản 3 Điều 26 thì bị:

Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng.

1.4 Mất hóa đơn nhưng bị phạt cảnh cáo 

Không phải mọi trường hợp mất hóa đơn đều bị phạt tiền. Theo khoản 1 Điều 26, có thể bị phạt cảnh cáo trong hai trường hợp:

• Làm mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập, trừ liên giao cho khách hàng, trong quá trình sử dụng; người bán đã kê khai, nộp thuế, có hồ sơ, chứng từ chứng minh giao dịch và có tình tiết giảm nhẹ.
• Làm mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập sai, đã xóa bỏ và người bán đã lập hóa đơn khác thay thế.

Như vậy, khi xác định mức phạt cần xem xét đầy đủ tình trạng của hóa đơn và các điều kiện kèm theo, thay vì chỉ căn cứ vào việc hóa đơn bị mất.

1.5 Mức phạt mất hóa đơn mua của cơ quan thuế nhưng chưa lập 

Đối với hóa đơn đã mua của cơ quan thuế nhưng chưa lập, pháp luật quy định riêng tại Điều 25.

Mức xử phạt đối với hành vi khai báo mất, cháy, hỏng hóa đơn như sau:

Hành vi	Mức xử phạt
Khai báo mất, cháy, hỏng quá hạn từ 1–5 ngày và có tình tiết giảm nhẹ	Cảnh cáo
Khai báo quá hạn từ 1–5 ngày, không thuộc trường hợp cảnh cáo	1–4 triệu đồng
Khai báo quá hạn từ 6 ngày trở lên	4–8 triệu đồng
Không khai báo mất, cháy, hỏng	4–8 triệu đồng

Quy định này áp dụng đối với hóa đơn đã mua của cơ quan thuế nhưng chưa lập, không nên đồng nhất với mọi trường hợp mất hóa đơn đầu vào.

1.6 Người mua làm mất hóa đơn đầu vào thì ai bị phạt?

Nếu người mua làm mất hóa đơn, người mua có thể là đối tượng bị xử phạt tùy trường hợp cụ thể.

Đối với trường hợp thuộc khoản 2 hoặc điểm b khoản 3 Điều 26, khi người mua làm mất, cháy, hỏng hóa đơn phải có biên bản của người bán và người mua ghi nhận sự việc.

Nếu hóa đơn bị mất do lỗi của bên thứ ba thì việc xác định đối tượng bị xử phạt được thực hiện theo khoản 5 Điều 26:

• Nếu bên thứ ba thực hiện giao dịch với người bán thì người bán là đối tượng bị xử phạt.
• Nếu bên thứ ba thực hiện giao dịch với người mua thì người mua là đối tượng bị xử phạt.

Người bán hoặc người mua và bên thứ ba phải lập biên bản ghi nhận sự việc mất, cháy, hỏng hóa đơn.

1.7 Mất hóa đơn điện tử có bị phạt như mất hóa đơn giấy không?

Cần phân biệt mất dữ liệu điện tử của hóa đơn với việc không còn bản thể hiện hóa đơn để tra cứu, sử dụng.

Đối với hóa đơn điện tử, doanh nghiệp phải thực hiện việc lưu trữ và bảo quản dữ liệu hóa đơn theo quy định về hóa đơn, chứng từ. Vì vậy, việc mất bản thể hiện hóa đơn hoặc mất quyền truy cập không nên mặc nhiên đồng nhất với hành vi “làm mất hóa đơn” quy định tại Điều 26.

Trên thực tế, nếu hóa đơn điện tử vẫn tồn tại trong hệ thống của người bán, tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử hoặc hệ thống dữ liệu của cơ quan thuế thì doanh nghiệp cần tra cứu và khôi phục dữ liệu hóa đơn, thay vì xử lý như trường hợp mất hóa đơn giấy.

2. Cách xử lý khi mất hóa đơn đầu vào chuẩn

Mất hóa đơn đầu vào không phải trường hợp nào cũng xử lý giống nhau. Doanh nghiệp cần căn cứ vào loại hóa đơn, thời điểm lập hóa đơn, tình trạng dữ liệu và chủ thể làm mất để xác định hồ sơ và phương án xử lý.

Trường hợp 1: Mất file hoặc bản in hóa đơn điện tử nhưng vẫn tra cứu được

Đây là trường hợp phổ biến nhất khi kế toán vô tình xóa file XML/PDF hoặc làm mất bản in hóa đơn.

Bước 1: Kiểm tra lại dữ liệu hóa đơn

Kiểm tra phần mềm hóa đơn điện tử, phần mềm kế toán và hệ thống lưu trữ nội bộ để xác định hóa đơn còn được lưu hay không.

Bước 2: Tra cứu lại hóa đơn

Sử dụng thông tin như mã số thuế người bán, số hóa đơn, ký hiệu và ngày lập để tra cứu hóa đơn trên hệ thống có liên quan.

Bước 3: Lấy lại dữ liệu hóa đơn

Nếu tra cứu được, tải lại file dữ liệu hóa đơn điện tử và bản thể hiện hóa đơn để lưu trữ.

Bước 4: Đối chiếu và lưu hồ sơ

Đối chiếu thông tin hóa đơn với hợp đồng, phiếu nhập kho, biên bản giao nhận và chứng từ thanh toán; sau đó lưu lại vào hồ sơ kế toán.

Trường hợp 2: Người mua làm mất hóa đơn điện tử và không còn bản lưu

Trường hợp này xảy ra khi doanh nghiệp mua hàng đã nhận hóa đơn nhưng sau đó bị mất file hoặc không tìm thấy hóa đơn trên phần mềm.

Bước 1: Xác định thông tin hóa đơn

Tập hợp thông tin giao dịch gồm mã số thuế người bán, ngày mua hàng, số tiền, số hóa đơn hoặc ký hiệu hóa đơn nếu còn.

Bước 2: Liên hệ người bán

Yêu cầu người bán kiểm tra và xác nhận lại hóa đơn đã lập cho giao dịch.

Bước 3: Nhận lại dữ liệu hóa đơn

Người bán cung cấp lại thông tin hoặc dữ liệu/bản thể hiện hóa đơn điện tử theo phương thức phù hợp.

Bước 4: Kiểm tra tính chính xác

Đối chiếu hóa đơn với hợp đồng, chứng từ giao nhận, phiếu nhập kho và chứng từ thanh toán.

Bước 5: Lưu lại hóa đơn

Lưu dữ liệu hóa đơn vào hệ thống kế toán và hồ sơ giao dịch.

Trường hợp 3: Mất hóa đơn điện tử nhưng không tra cứu được dữ liệu

Nếu doanh nghiệp không còn file hóa đơn, không tìm thấy dữ liệu trên hệ thống nội bộ và không tra cứu được hóa đơn, cần xác minh nguyên nhân trước khi xử lý.

Bước 1: Kiểm tra lại thông tin giao dịch

Kiểm tra hợp đồng, đơn đặt hàng, phiếu nhập kho, biên bản giao nhận/nghiệm thu và chứng từ thanh toán.

Bước 2: Liên hệ người bán

Yêu cầu người bán kiểm tra lại hệ thống lập và lưu trữ hóa đơn điện tử, đồng thời xác nhận hóa đơn đã được lập cho giao dịch.

Bước 3: Kiểm tra dữ liệu hóa đơn

Hai bên kiểm tra thông tin hóa đơn trên hệ thống quản lý hóa đơn điện tử và các dữ liệu liên quan.

Bước 4: Xác định nguyên nhân

Phải xác định rõ hóa đơn đã được lập nhưng mất dữ liệu, hay thực tế hóa đơn chưa được lập/chưa được chuyển dữ liệu.

Bước 5: Xử lý theo nguyên nhân

• Nếu hóa đơn đã được lập và dữ liệu có thể xác minh: khôi phục dữ liệu.
• Nếu hóa đơn có sai sót: xử lý theo quy định về hóa đơn điện tử có sai sót.
• Nếu xác định hóa đơn chưa được lập: người bán phải thực hiện lập hóa đơn theo đúng quy định.

Trường hợp 4: Mất hóa đơn đầu vào đã kê khai thuế

Trường hợp này cần đặc biệt chú ý vì hóa đơn đã được sử dụng trong hồ sơ kê khai thuế.

Bước 1: Khôi phục dữ liệu hóa đơn

Tra cứu hoặc yêu cầu người bán cung cấp lại dữ liệu hóa đơn.

Bước 2: Đối chiếu với tờ khai thuế

Kiểm tra hóa đơn đã được kê khai tại kỳ nào, giá trị hàng hóa, thuế suất và số thuế GTGT đầu vào đã kê khai.

Bước 3: Đối chiếu hồ sơ kế toán

Kiểm tra hợp đồng, phiếu nhập kho, biên bản giao nhận/nghiệm thu và chứng từ thanh toán.

Bước 4: Lưu lại dữ liệu

Bổ sung lại hóa đơn vào hồ sơ kế toán và lưu trữ theo quy định.

Bước 5: Xử lý nếu phát hiện sai sót

Nếu quá trình kiểm tra phát hiện hóa đơn có sai sót hoặc việc kê khai trước đó chưa đúng, doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh hồ sơ thuế và xử lý hóa đơn theo quy định tương ứng.

Trường hợp 5: Mất hóa đơn đầu vào chưa kê khai thuế

Nếu phát hiện mất hóa đơn trước khi kê khai thuế, doanh nghiệp nên khôi phục hóa đơn trước khi đưa vào hồ sơ kê khai.

• Bước 1:Liên hệ người bán để xác nhận hóa đơn.
• Bước 2: Tra cứu và lấy lại dữ liệu hóa đơn điện tử.
• Bước 3: Kiểm tra thông tin trên hóa đơn với hợp đồng và chứng từ mua hàng.
• Bước 4: Kiểm tra chứng từ thanh toán và các điều kiện khấu trừ thuế GTGT nếu có.
• Bước 5: Lưu lại hóa đơn và thực hiện kê khai thuế theo kỳ phù hợp.

Nếu không thể xác minh được hóa đơn, doanh nghiệp cần làm rõ tình trạng lập hóa đơn với người bán trước khi kê khai.

Trường hợp 6: Mất hóa đơn giấy đã lập trong giai đoạn áp dụng quy định cũ

Đây là trường hợp cần tách riêng với hóa đơn điện tử hiện hành vì cách xử lý phụ thuộc vào thời điểm lập hóa đơn và quy định pháp luật có hiệu lực tại thời điểm đó.

Bước 1: Xác định thông tin hóa đơn

Xác định số hóa đơn, ký hiệu, ngày lập, người bán, người mua và nội dung giao dịch.

Bước 2: Xác định tình trạng kê khai

Kiểm tra hóa đơn đã được người bán và người mua kê khai thuế hay chưa.

Bước 3: Xác nhận với người bán

Hai bên xác nhận việc mất hóa đơn và đối chiếu hồ sơ giao dịch.

Bước 4: Lập hồ sơ xử lý

Nếu thuộc trường hợp pháp luật tại thời điểm lập hóa đơn yêu cầu lập biên bản hoặc khai báo mất, doanh nghiệp thực hiện đúng thủ tục tương ứng.

Bước 5: Xác định trách nhiệm và mức phạt

Nếu hành vi thuộc diện xử phạt, xác định chủ thể vi phạm và mức phạt theo quy định có hiệu lực tại thời điểm thực hiện hành vi, đồng thời xem xét quy định chuyển tiếp nếu có.

Trường hợp 7: Mất hóa đơn do bên vận chuyển hoặc bên thứ ba

Nếu hóa đơn bị mất trong quá trình vận chuyển, giao nhận hoặc lưu giữ bởi bên thứ ba, cần xác định rõ trách nhiệm của từng bên.

• Bước 1: Xác định bên nào thuê bên thứ ba.
• Bước 2: Kiểm tra thời điểm và phương thức bàn giao hóa đơn.
• Bước 3: Thu thập hợp đồng, biên bản bàn giao hoặc chứng từ chứng minh việc giao nhận.
• Bước 4: Lập hồ sơ ghi nhận việc mất và xác định nguyên nhân.
• Bước 5: Xác định chủ thể chịu trách nhiệm và nghĩa vụ xử lý vi phạm nếu hành vi thuộc trường hợp bị xử phạt.

Hiện nay, trên thị trường có nhiều đơn vị thực hiện cung cấp các giải pháp hóa đơn điện tử tích hợp trên phần mềm kế toán. Tuy nhiên, DN nên ưu tiên các nhà cung cấp phổ biến, được tin dùng bởi những tính năng thông minh, vượt trội và tính an toàn bảo mật cao. Phần mềm kế toán online MISA AMIS cho phép doanh nghiệp tự động ghi nhận hóa đơn, chứng từ đầu vào và phát hành hóa đơn điện tử ngay trên phần mềm, giúp doanh nghiệp tránh khỏi tình trạng mất mát, cháy hỏng hóa đơn.

3. Mất hóa đơn đầu vào có được khấu trừ không?

Có thể được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, nếu doanh nghiệp chỉ mất file/bản in của hóa đơn điện tử nhưng vẫn tra cứu, xác minh và khôi phục được hóa đơn hợp pháp, đồng thời đáp ứng đầy đủ các điều kiện khấu trừ khác theo quy định. Điều 14 Luật Thuế GTGT quy định cơ sở kinh doanh phải có hóa đơn GTGT hoặc chứng từ hợp pháp tương ứng và đáp ứng điều kiện về thanh toán không dùng tiền mặt.

Cụ thể:

• Mất file PDF/XML hoặc bản in hóa đơn điện tử nhưng tra cứu được: vẫn có thể khấu trừ nếu đáp ứng các điều kiện khác.
• Mất hóa đơn nhưng người bán cung cấp lại được dữ liệu hóa đơn hợp pháp: vẫn có thể khấu trừ nếu đáp ứng các điều kiện khác.
• Không còn hóa đơn và không thể tra cứu, xác minh hoặc khôi phục được dữ liệu: không đủ căn cứ để khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
• Chỉ còn hợp đồng, phiếu nhập kho hoặc chứng từ thanh toán: không thay thế cho hóa đơn GTGT trong trường hợp pháp luật yêu cầu hóa đơn làm căn cứ khấu trừ.

Ngoài hóa đơn, doanh nghiệp còn phải đáp ứng điều kiện về hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế GTGT, trừ trường hợp đặc thù.

Kết luận

Mất hóa đơn đầu vào không chỉ khiến kế toán mất thời gian tìm kiếm và bổ sung chứng từ mà còn có thể ảnh hưởng đến căn cứ kê khai, khấu trừ thuế GTGT nếu hóa đơn không còn khả năng tra cứu, xác minh hoặc khôi phục. Vì vậy, thay vì lưu trữ hóa đơn phân tán trên máy tính, email hoặc nhiều hệ thống khác nhau, doanh nghiệp nên chủ động quản lý và đồng bộ dữ liệu hóa đơn với hệ thống kế toán ngay từ đầu.

Phần mềm kế toán doanh nghiệp MISA AMIS Kế toán – một sản phẩm thuộc hệ sinh thái quản trị doanh nghiệp MISA AMIS – giúp kết nối dữ liệu kế toán với hóa đơn điện tử, bán hàng, ngân hàng và các nghiệp vụ liên quan trên một nền tảng thống nhất, hỗ trợ kế toán giảm nhập liệu thủ công, dễ dàng tra cứu và kiểm soát chứng từ trong quá trình xử lý nghiệp vụ.

Với AMIS Kế toán, doanh nghiệp có thể:

• Tự động đồng bộ hóa đơn điện tử với dữ liệu kế toán, hạn chế tình trạng thất lạc hoặc bỏ sót hóa đơn trong quá trình nhập liệu.
• Tra cứu và quản lý tập trung hóa đơn, chứng từ, giúp kế toán nhanh chóng tìm lại dữ liệu khi cần kê khai, đối chiếu hoặc giải trình.
• Tự động hạch toán từ hóa đơn đầu vào, giảm thao tác nhập liệu thủ công và hạn chế sai sót khi ghi nhận nghiệp vụ.
• Đối chiếu dữ liệu hóa đơn – chứng từ – sổ kế toán, hỗ trợ phát hiện chênh lệch sớm trước khi kê khai thuế.
• Tự động tổng hợp tờ khai thuế và báo cáo, giúp giảm áp lực xử lý số liệu vào cuối kỳ.

Đừng đợi đến khi mất hóa đơn mới bắt đầu tìm cách khôi phục dữ liệu. Đăng ký trải nghiệm miễn phí 15 ngày MISA AMIS Kế toán để chủ động lưu trữ, tra cứu và kiểm soát hóa đơn tập trung, giảm rủi ro mất chứng từ và bảo vệ căn cứ kê khai, khấu trừ thuế của doanh nghiệp.