Ngày 01/7/2025, Bộ Tài Chính mới ban hành Thông tư 69/2025/TT-BTC hướng dẫn Luật thuế GTGT và hướng dẫn Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết Luật thuế giá trị gia tăng. Bài viết dưới đây MISA AMIS sẽ tổng hợp một số nội dung chính của Thông tư.
Tải toàn văn Thông tư tại đây
1. Hồ sơ, thủ tục xác định đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng
Căn cứ quy định tại Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng và Điều 4 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/07/2025 của Chính phủ, người nộp thuế cần xác định hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo danh mục cụ thể.
Một số trường hợp ngoài việc thực hiện theo quy định trên thì khi cơ quan quản lý nhà nước yêu cầu thì người nộp thuế phải xuất trình hồ sơ, thủ tục sau:
a) Đối với sản phẩm giống vật nuôi quy định tại khoản 2 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng:
- Bản công bố tiêu chuẩn áp dụng của cơ sở sản xuất.
- Hồ sơ giống theo quy định pháp luật về chăn nuôi.Nếu là hàng nhập khẩu, cần có văn bản xác nhận về nguồn gốc, chất lượng giống, mục đích sử dụng do cơ quan có thẩm quyền của nước xuất khẩu xác nhận hoặc tổ chức được ủy quyền xác nhận.
b) Đối với nhập khẩu báo, tạp chí, bản tin, đặc san,… quy định tại khoản 15 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng
- Cung cấp Giấy xác nhận nhập khẩu xuất bản phẩm để kinh doanh do cơ quan có thẩm quyền cấp theo quy định của pháp luật về xuất bản.
c) Đối với hàng hóa, dịch vụ viện trợ không hoàn lại quy định tại khoản 19 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng
- Cần có văn bản của bên viện trợ (tổ chức, cá nhân nước ngoài hoặc tổ chức quốc tế) theo quy định tại điểm b khoản 11 Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
d) Chuyển nhượng quyền sở hữu công nghiệp đối với sáng chế, kiểu dáng công nghiệp, thiết kế bổ trí, nhãn hiệu quy định tại khoản 21 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng
- Quyết định cấp văn bằng bảo hộ hoặc xác nhận đăng ký quốc tế theo điều ước quốc tế.
- Hợp đồng chuyển nhượng quyền sở hữu công nghiệp theo đúng quy định của pháp luật.
đ) Chuyển nhượng quyền giống cây trồng quy định tại khoản 21 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng:
- Quyết định cấp bằng bảo hộ giống cây trồng do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp.
- Hợp đồng chuyển nhượng quyền giống cây trồng theo quy định pháp luật.
e) Hàng hóa nhập khẩu phục vụ phòng chống thiên tai, dịch bệnh… quy định tại điểm d khoản 26 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng
- Văn bản phê duyệt tiếp nhận hàng hóa tài trợ, ủng hộ từ cơ quan hoặc tổ chức có thẩm quyền.
2. Hồ sơ, thủ tục áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng 0%
Người nộp thuế cần đối chiếu với quy định tại khoản 1 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng và Điều 17 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/07/2025 của Chính phủ để xác định các trường hợp hàng hóa, dịch vụ đủ điều kiện áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng (GTGT) 0%.
Khi cơ quan quản lý nhà nước yêu cầu, người nộp thuế cần chuẩn bị và cung cấp hồ sơ chứng minh đáp ứng điều kiện áp dụng thuế suất 0% theo hướng dẫn tại Điều 18 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP.
Đối với hàng hóa xuất khẩu thông qua sàn thương mại điện tử nước ngoài hoặc một số trường hợp đặc thù khác, người nộp thuế cần lưu ý:
- Khi có yêu cầu từ cơ quan quản lý nhà nước, phải xuất trình đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
- Hồ sơ này cần tuân thủ đúng quy định tại Điều 27 và Điều 28 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
3. Quy định về nhóm hàng hóa, dịch vụ áp dụng tính thuế GTGT theo tỷ lệ % trên doanh thu
Các nhóm hàng hóa, dịch vụ thuộc diện tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo tỷ lệ % trên doanh thu được xác định cụ thể tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này, căn cứ theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 12 Luật Thuế GTGT.
- Trường hợp cơ sở kinh doanh hoạt động nhiều loại hàng hóa, dịch vụ có mức tỷ lệ % khác nhau, thì phải kê khai riêng từng loại theo tỷ lệ tương ứng.
- Nếu không thể tách riêng doanh thu của từng nhóm hàng hóa, dịch vụ, thì phải áp dụng tỷ lệ cao nhất của hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở sản xuất, kinh doanh trên toàn bộ doanh thu tính thuế của kỳ tính thuế đó.
4. Quy định về chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài
Trường hợp tổ chức tại Việt Nam thực hiện nghĩa vụ nộp thay thuế giá trị gia tăng (GTGT) cho tổ chức,nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam , cá nhân nước ngoài không cư trú tại Việt Nam quy định tại điểm a, khoản 2 Điều 14 Luật thuế GTGT thì tổ chức Việt Nam này phải có chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định.
Chứng từ nộp thuế thay cho phía nước ngoài được hiểu là chứng từ nộp vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
5. Cách xác định số thuế GTGT được hoàn
Đối với hàng hóa dịch vụ xuất khẩu quy định tại khoản 2 Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP thì xác định số thuế GTGT được hoàn theo quy định ban hành tại Phụ lục II Thông tư 69/2025/TT-BTC.
Đối với hoạt động sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất 5% quy định tại Điều 31 Nghị định 181/2025/NĐ-CP thì xác định số thuế GTGT được hoàn theo quy định ban hành tại Phụ lục III Thông tư 69/2025/TT-BTC.
6. Cách tính thuế GTGT phải nộp áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam
Số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp dựa trên doanh thu được xác định theo giá tính thuế và tỷ lệ %. Trong đó:
- Giá tính thuế là toàn bộ doanh thu từ việc cung cấp dịch vụ, dịch vụ gắn với hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế mà Nhà thầu nước ngoài hoặc Nhà thầu phụ nước ngoài nhận được, chưa trừ các khoản thuế phải nộp và chi phí do bên Việt Nam trả thay (nếu có).
Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp theo doanh thu được tính theo công thức sau:
6.1. Doanh thu tính thuế
Daonh thu tính thuế GTGT đối với 1 số trường hợp cụ thể được xác định như sau:
- Nếu hợp đồng nhà thầu không bao gồm thuế GTGT phải nộp thì doanh thu tính thuế giá trị gia tăng phải được quy đổi thành doanh thu có thuế giá trị gia tăng:
Doanh thu tính thuế = Doanh thu chưa thuế / (1 – Tỷ lệ % thuế GTGT trên doanh thu).
- Nếu Nhà thầu nước ngoài (NTNN) ký hợp đồng với Nhà thầu phụ Việt Nam hoặc Nhà thầu phụ nước ngoài nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, doanh thu tính thuế của NTNN sẽ không bao gồm giá trị công việc do Nhà thầu phụ thực hiện.
- Trong trường hợp Nhà thầu nước ngoài ký hợp đồng với Nhà thầu phụ nước ngoài và nộp thuế theo phương pháp trực tiếp, Bên Việt Nam sẽ khai nộp thuế thay cho Nhà thầu nước ngoài theo tỷ lệ % tương ứng.
- Doanh thu tính thuế đối với cho thuê máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải là toàn bộ tiền cho thuê, trừ các chi phí bảo hiểm, bảo dưỡng, đăng kiểm nếu có chứng từ chứng minh.
- Đối với dịch vụ giao nhận, kho vận quốc tế từ Việt Nam đi nước ngoài, doanh thu tính thuế là toàn bộ doanh thu của Nhà thầu nước ngoài nhận được, không bao gồm cước vận chuyển quốc tế phải trả cho hãng vận chuyển.
- Đối với dịch vụ chuyển phát quốc tế từ Việt Nam đi nước ngoài, doanh thu tính thuế là toàn bộ doanh thu của Nhà thầu nước ngoài.
6.2. Tỷ lệ % thuế GTGT
Tỷ lệ % để tính thuế GTGT trên doanh thu áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam (trừ dịch vụ cung cấp qua kênh thương mại điện tử và nền tảng số) thực hiện theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 12 Luật Thuế GTGT và Điều 5 Thông tư này 69/2025/TT-BTC.
Đối với hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ có nhiều hoạt động kinh doanh khác nhau hoặc một phần giá trị hợp đồng không thuộc diện chịu thuế GTGT, tỷ lệ % để tính thuế sẽ căn cứ vào doanh thu tính thuế của từng hoạt động.
- Nếu không thể tách riêng được giá trị từng hoạt động, áp dụng tỷ lệ % cao nhất của ngành nghề kinh doanh cho toàn bộ giá trị hợp đồng.
Riêng đối với hoạt động xây dựng, lắp đặt có bao thầu nguyên vật liệu hoặc máy móc, thiết bị đi kèm công trình xây dựng:
- Trường hợp hợp đồng nhà thầu tách riêng được giá trị từng hoạt động kinh doanh thì Nhà thầu nước ngoài không phải nộp thuế giá trị gia tăng trên giá trị nguyên vật liệu hoặc máy móc, thiết bị đã nộp thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu hoặc thuộc diện không chịu thuế giá trị gia tăng. Đối với từng phần giá trị công việc còn lại theo hợp đồng thì áp dụng tỷ lệ % để tính thuế giá trị gia tăng trên doanh thu tương ứng với hoạt động kinh doanh đó.
- Nếu không tách được giá trị, tỷ lệ thuế áp dụng là 3% trên toàn bộ giá trị hợp đồng, bao gồm cả nguyên vật liệu và thiết bị nhập khẩu. Đối với Nhà thầu nước ngoài ký hợp đồng với các Nhà thầu phụ để giao lại toàn bộ các phần giá trị công việc có bao thầu nguyên vật liệu, máy móc, thiết bị, tỷ lệ thuế GTGT áp dụng cho phần giá trị dịch vụ còn lại là 5%.
- Đối với hợp đồng cung cấp máy móc, thiết bị kèm theo dịch vụ thực hiện tại Việt Nam, nếu tách được giá trị máy móc và dịch vụ, thuế GTGT sẽ được tính riêng cho từng phần. Nếu không tách được, áp dụng tỷ lệ thuế là 3% cho toàn bộ giá trị hợp đồng.
7. Giới thiệu phần mềm kế toán online MISA AMIS
Phần mềm kế toán online MISA AMIS là giải pháp toàn diện dành cho doanh nghiệp, giúp tối ưu hóa quy trình kế toán và quản lý tài chính một cách hiệu quả. Với công nghệ điện toán đám mây hiện đại, MISA AMIS cho phép kế toán viên và nhà quản lý truy cập dữ liệu mọi lúc, mọi nơi, trên mọi thiết bị có kết nối internet.
Ưu điểm nổi bật của MISA AMIS:
- Tự động hóa quy trình kế toán: Giảm thiểu sai sót, tiết kiệm thời gian với các tính năng tự động như nhập liệu, đối soát ngân hàng, lập báo cáo tài chính, và kê khai thuế.
- Kết nối liên thông: Đồng bộ dữ liệu với các phần mềm khác trong hệ sinh thái MISA AMIS như nhân sự, bán hàng, quản trị doanh nghiệp, giúp quản lý toàn diện và hiệu quả.
- Báo cáo tài chính trực quan: Cung cấp các báo cáo chi tiết, dễ hiểu, hỗ trợ nhà quản lý đưa ra quyết định nhanh chóng và chính xác.
- Bảo mật cao: Dữ liệu được lưu trữ và bảo vệ an toàn trên nền tảng điện toán đám mây đạt tiêu chuẩn quốc tế.
- Hỗ trợ đa dạng ngành nghề: Phù hợp với mọi loại hình doanh nghiệp từ thương mại, dịch vụ, sản xuất đến xây dựng.
Với phần mềm kế toán online MISA AMIS, doanh nghiệp không chỉ tiết kiệm chi phí mà còn nâng cao hiệu quả quản lý tài chính, đảm bảo tuân thủ các quy định pháp luật về kế toán và thuế. Đây chính là công cụ đắc lực giúp doanh nghiệp phát triển bền vững trong thời đại số.
0904 885 833
https://amis.misa.vn/
