Xuất hóa đơn sai thuế suất có bị phạt không?

Xuất hóa đơn sai thuế suất có bị phạt không là vấn đề nhiều doanh nghiệp và kế toán quan tâm khi phát hiện hóa đơn điện tử đã lập có mức thuế GTGT không đúng. Sai thuế suất không chỉ ảnh hưởng đến số tiền thuế thể hiện trên hóa đơn mà trong một số trường hợp còn có thể dẫn đến khai sai nghĩa vụ thuế và phát sinh tiền phạt, tiền thuế thiếu hoặc tiền chậm nộp. Bài viết dưới đây của phần mềm kế toán MISA AMIS Kế toán sẽ giúp doanh nghiệp hiểu rõ quy định về thuế suất trên hóa đơn, mức xử phạt có thể phát sinh và cách xử lý hóa đơn sai thuế suất theo quy định hiện hành, đồng thời hướng dẫn cách điều chỉnh hóa đơn trên phần mềm kế toán MISA AMIS.

1. Xuất hóa đơn sai thuế suất có bị phạt không?

Pháp luật hiện hành không quy định một mức phạt riêng đối với hành vi xuất hóa đơn sai thuế suất. Tuy nhiên, sai thuế suất trên hóa đơn có thể dẫn đến doanh nghiệp kê khai sai số thuế phải nộp. Khi đó, tùy vào tính chất và hậu quả của sai sót, doanh nghiệp có thể bị xử phạt về hành vi khai sai theo quy định về xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Cần phân biệt sai thuế suất trên hóa đơn với khai sai thuế. Việc lập hóa đơn sai thuế suất trước hết phải được xử lý theo quy định về hóa đơn điện tử. Trường hợp sai thuế suất đồng thời làm sai hồ sơ khai thuế thì doanh nghiệp tiếp tục phải thực hiện khai bổ sung và có thể phát sinh nghĩa vụ xử phạt về thuế.

Cụ thể:

• Sai thuế suất nhưng không làm thiếu số thuế phải nộp: Nếu việc khai thuế có sai chỉ tiêu liên quan đến xác định nghĩa vụ thuế nhưng không dẫn đến thiếu thuế hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn thì có thể bị phạt từ 5.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng theo khoản 3 Điều 12 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP và Nghị định 291/2026/NĐ-CP.
• Sai thuế suất dẫn đến thiếu số thuế GTGT phải nộp: Doanh nghiệp có thể bị phạt 20% số tiền thuế khai thiếu theo Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 310/2025/NĐ-CP. Ngoài tiền phạt, doanh nghiệp phải nộp đủ số thuế thiếu và tiền chậm nộp nếu phát sinh theo quy định.
• Sai thuế suất nhưng doanh nghiệp vẫn xác định và kê khai đúng nghĩa vụ thuế: Không thể mặc nhiên kết luận doanh nghiệp bị phạt về hành vi khai sai thuế. Tuy nhiên, hóa đơn có sai sót vẫn phải được xử lý theo quy định về hóa đơn điện tử.

Như vậy, xuất hóa đơn sai thuế suất không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp chắc chắn bị phạt. Mức xử phạt phụ thuộc vào việc sai sót có dẫn đến khai sai nghĩa vụ thuế và thiếu số thuế phải nộp hay không.

Đối với doanh nghiệp, cần đặc biệt lưu ý trường hợp sai thuế suất làm giảm số thuế GTGT phải nộp. Khi đó, ngoài việc xử lý hóa đơn sai sót, doanh nghiệp cần rà soát lại hồ sơ khai thuế, thực hiện khai bổ sung và nộp phần thuế thiếu, tiền chậm nộp cùng tiền phạt nếu thuộc trường hợp bị xử phạt.

Các mức phạt nêu trên là mức áp dụng theo quy định về hành vi khai sai, không phải mức phạt trực tiếp cho hành vi “xuất hóa đơn sai thuế suất”. Nghị định 291/2026/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Nghị định 125/2020/NĐ-CP và có hiệu lực từ ngày 21/07/2026; do đó khi áp dụng cần đối chiếu quy định đã được sửa đổi, bổ sung tại thời điểm phát sinh vi phạm.

2. Quy định về thuế suất trên hóa đơn

Theo khoản 1 Điều 10 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, hóa đơn phải thể hiện các nội dung như tên hàng hóa, dịch vụ; đơn vị tính; số lượng; đơn giá; thành tiền chưa có thuế GTGT; thuế suất thuế GTGT; tổng số tiền thuế GTGT theo từng mức thuế suất; tổng cộng tiền thuế GTGT và tổng tiền thanh toán đã có thuế GTGT. Nghị định 254/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 01/07/2026 và hiện là một trong những căn cứ pháp lý chính về hóa đơn điện tử.

Theo đó, khi lập hóa đơn, doanh nghiệp phải xác định đúng thuế suất GTGT áp dụng đối với từng loại hàng hóa, dịch vụ theo quy định của pháp luật về thuế GTGT và thể hiện đúng mức thuế suất trên hóa đơn.

Về thuế suất, Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, được sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 90/2025/QH15, Luật số 149/2025/QH15 và Luật số 09/2026/QH16, quy định các mức thuế suất GTGT cơ bản gồm 0%, 5% và 10%. Luật số 149/2025/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/01/2026, còn Luật số 09/2026/QH16 có hiệu lực từ ngày 24/04/2026.

Cụ thể như sau:

Mức thuế suất	Đối tượng áp dụng
0%	Áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ thuộc diện áp dụng thuế suất 0% theo khoản 1 Điều 9 Luật Thuế GTGT, chủ yếu gồm hàng hóa xuất khẩu, dịch vụ xuất khẩu, vận tải quốc tế và một số hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu khác theo quy định. Tuy nhiên, một số hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không được áp dụng thuế suất 0% theo các trường hợp luật quy định.
5%	Áp dụng đối với các nhóm hàng hóa, dịch vụ được quy định cụ thể tại khoản 2 Điều 9 Luật Thuế GTGT, như nước sạch phục vụ sản xuất và sinh hoạt, một số sản phẩm nông nghiệp, phân bón, thiết bị y tế, thuốc, thiết bị phục vụ giảng dạy và học tập, sách, dịch vụ khoa học và công nghệ, nhà ở xã hội và các nhóm khác theo quy định.
10%	Áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 0% hoặc 5% theo Điều 9 Luật Thuế GTGT.

Trong đó:

• Thuế suất 0%: Không mặc nhiên áp dụng cho mọi hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Doanh nghiệp cần đối chiếu từng loại hàng hóa, dịch vụ với khoản 1 Điều 9 Luật Thuế GTGT và các trường hợp không được áp dụng thuế suất 0% trước khi lập hóa đơn
• Thuế suất 5%: Doanh nghiệp cần xác định đúng nhóm hàng hóa, dịch vụ theo khoản 2 điều 9. Việc một hàng hóa, dịch vụ được sử dụng trong lĩnh vực thiết yếu hoặc phục vụ sản xuất nông nghiệp không đồng nghĩa với việc đương nhiên được áp dụng thuế suất 5%, mức thuế suất phải căn cứ vào đúng đối tượng páhp luật quy định. Đ
• Thuế suất 10%: Hàng hóa, dịch vụ thuộc mức thuế này trong thời gian thực hiện chính sách giảm thuế GTGt, một số trường hợp sẽ được áp dụng mức thuế suất 8%

Cụ thể, Nghị quyết 204/2025/QH15 quy định giảm 2% thuế suất GTGT đối với các nhóm hàng hóa, dịch vụ đang áp dụng mức thuế suất 10% thuộc khoản 3 Điều 9 Luật Thuế GTGT, trừ một số nhóm hàng hóa, dịch vụ. Chính sách này được áp dụng từ ngày 01/07/2025 đến hết ngày 31/12/2026.

Nghị định 174/2025/NĐ-CP hướng dẫn cụ thể chính sách này. Theo đó, cơ sở kinh doanh tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ được áp dụng thuế suất 8% đối với hàng hóa, dịch vụ thuộc diện được giảm thuế. Khi lập hóa đơn GTGT, doanh nghiệp ghi “8%” tại dòng thuế suất GTGT và tính tiền thuế theo mức thuế suất đã giảm.

Các nhóm hàng hóa, dịch vụ không được giảm từ 10% xuống 8% gồm:

• Viễn thông
• Hoạt động tài chính, ngân hàng, chứng khoản, bảo hiểm
• Kinh doanh bất động sản
• Sản phẩm khai khoáng, trừ than
• Sản phẩm hàng hóa và dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt trừ xăng

Danh mục chi tiết phải được đối chiếu với các phụ lục ban hành kèm Nghị định 174/2025/NĐ-CP. Trường hợp hàng hóa, dịch vụ thuộc các phụ lục này nhưng theo Luật Thuế GTGT thuộc đối tượng không chịu thuế hoặc đang áp dụng thuế suất 5% thì tiếp tục thực hiện theo Luật Thuế GTGT và không được giảm thuế.

Như vậy, 0%, 5% và 10% là các mức thuế suất cơ bản theo Luật Thuế GTGT; trong thời gian từ 01/07/2025 đến hết 31/12/2026, một số hàng hóa, dịch vụ thuộc mức 10% được giảm còn 8%. Do đó, khi lập hóa đơn trong năm 2026, doanh nghiệp không nên chỉ căn cứ vào mức thuế suất thông thường mà cần kiểm tra thêm hàng hóa, dịch vụ có thuộc diện được giảm thuế GTGT hay không.

Việc xác định sai thuế suất có thể làm sai số tiền thuế GTGT trên hóa đơn và ảnh hưởng đến việc kê khai thuế của cả người bán và người mua. Vì vậy, doanh nghiệp cần xác định đúng bản chất hàng hóa, dịch vụ, đối chiếu với quy định về thuế suất tại Điều 9 Luật Thuế GTGT và chính sách giảm thuế GTGT đang áp dụng trước khi lập hóa đơn.

3. Cách xử lý hóa đơn sai thuế suất

Khi phát hiện hóa đơn điện tử đã lập bị sai thuế suất, doanh nghiệp cần xác định nội dung sai để lựa chọn cách xử lý phù hợp. Theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, trường hợp hóa đơn sai về mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế, hàng hóa ghi trên hóa đơn không đúng quy cách, chất lượng hoặc các nội dung thuộc trường hợp phải xử lý thì người bán được lựa chọn lập hóa đơn điện tử điều chỉnh hoặc lập hóa đơn điện tử thay thế.

3.1 Lập hóa đơn điều chỉnh khi sai thuế suất

Doanh nghiệp có thể lựa chọn lập hóa đơn điều chỉnh cho hóa đơn đã lập sai thuế suất. Trên hóa đơn điều chỉnh phải thể hiện nội dung:

“Điều chỉnh cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm” 

Nội dung điều chỉnh phải phán ảnh đúng phần sai sót. Trường hợp điều chỉnh làm tăng giá trị hoặc số tiền thuế thì ghi số dương, trường hợp điều chỉnh giảm thì ghi số âm theo quy định.

3.2 Lập hóa đơn thay thế khi sai thuế suất 

Thay vì lập hóa đơn điều chỉnh, doanh nghiệp có thể lựa chọn lập hóa đơn điện tử mới để thay thế hóa đơn đã lập sai. Hóa đơn thay thế phải thể hiện nội dung:

“Thay thế cho hóa đơn Mẫu số… ký hiệu… số… ngày… tháng… năm…” 

Hóa đơn mới phải thể hiện đầy đủ các nội dung đúng của giao dịch và được ký số, gửi cho người mua theo quy định. Trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế thì thực hiện gửi cơ quan thuế để được cấp mã của cơ quan thuế thì thực hiện gửi cơ quan thuế để được cấp mã trước khi gửi cho người mua.

Xem chi tiết Cách xử lý hóa đơn điện tử bị sai sót trong từng trường hợp

3.3 Có phải lập văn bản thỏa thuận khi điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn sai thuế suất? 

Trước khi thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế háo đơn, trường hợp người mua là tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh hoặc cá nhân kinh doanh thì người bán và người mua phải lập văn bản thỏa thuận ghi rõ nội dung sai.

Trường người người mua là cá nhân, người bán thông báo cho người mua hoặc thông báo trên website của người bán (nếu có).

Văn bản thỏa thuận phải được lưu cùng hồ sơ hóa đơn để phục vụ việc kiểm tra, đối chiếu khi cần thiết. Việc lập văn bản thỏa thuận được thực hiện theo các trường hợp và quy định cụ thể tại Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

3.4 Sai thuế suất có phải gửi mẫu 04/SS-HĐĐT không?

Không. Trường hợp hóa đơn sai thuế suất không thuộc trường hợp chỉ thông báo sai sót bằng Mẫu 04/SS-HĐĐT.

Theo Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC, Mẫu số 04/SS-HĐĐT được sử dụng đối với trường hợp hóa đơn sai về tên, địa chỉ, số tiền bằng chữ hoặc nội dung khác nhưng không sai mã số thuế, số tiền, thuế suất, tiền thuế hoặc hàng hóa ghi trên hóa đơn. Khi đó, người bán thông báo cho người mua và gửi thông báo về hóa đơn điện tử đã lập sai cho cơ quan thuế theo mẫu quy định.

Trong khi đó, sai thuế suất thuộc trường hợp phải xử lý bằng cách lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế.

Do đó, doanh nghiệp không thực hiện theo quy trình:

Sai thuế suất → gửi Mẫu 04/SS-HĐĐT → lập hóa đơn thay thế.

Mà thực hiện:

Sai thuế suất → lập văn bản thỏa thuận nếu thuộc trường hợp phải lập → lựa chọn hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế → ký số và gửi hóa đơn theo quy định.

Theo dõi hóa đơn, chứng từ và dữ liệu kế toán tập trung trên phần mềm kế toán MISA AMIS, giảm theo tác nhập liệu, thuận tiện hơn khi kiểu tra, đối chiếu. 

3.5 Trường hợp nhiều hóa đơn cùng sai thuế suất 

Nếu trong cùng một tháng, người bán phát hiện nhiều hóa đơn đã lập cho cùng một người mua có cùng nội dung sai về người mua, tên hàng, đơn giá, số lượng hoặc thuế suất thì có thể thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế theo cơ chế áp dụng cho nhiều hóa đơn sai sót theo quy định.

Trường hợp đủ điều kiện, người bán có thể lập một hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế cho nhiều hóa đơn sai và kèm theo bảng kê theo mẫu quy định tại Thông tư 91/2026/TT-BTC.

3.6 Xử lý hóa đơn giấy đã lập trước khi chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử

Đối với hóa đơn giấy đã lập theo các quy định trước đây mà sau khi chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử mới phát hiện sai sót, doanh nghiệp phải căn cứ vào thời điểm và loại hóa đơn đã lập để áp dụng quy định chuyển tiếp tương ứng.

Trường hợp thuộc diện phải lập hóa đơn điện tử thay thế theo quy định chuyển tiếp, người bán lập hóa đơn điện tử mới thay thế cho hóa đơn đã lập sai và phải thể hiện thông tin xác định hóa đơn bị thay thế theo quy định.

Doanh nghiệp không áp dụng máy móc quy trình gửi Mẫu 04/SS-HĐĐT của hóa đơn điện tử thông thường đối với trường hợp hóa đơn giấy thuộc diện xử lý chuyển tiếp.

3.7 Trường hợp cơ quan thuế phát hiện hóa đơn có sai sót

Nếu cơ quan thuế phát hiện hóa đơn điện tử có mã hoặc không có mã của cơ quan thuế đã lập sai, cơ quan thuế thông báo cho người bán để rà soát theo Mẫu số 01/TB-RSĐT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Sau khi nhận được thông báo, người bán có trách nhiệm kiểm tra nội dung hóa đơn được cơ quan thuế yêu cầu rà soát và thực hiện điều chỉnh hoặc thay thế hóa đơn theo quy định tại Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC.

Như vậy, căn cứ và quy trình hiện hành không còn thực hiện theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP như quy định trước đây. Từ ngày 01/07/2026, doanh nghiệp cần áp dụng quy định về hóa đơn điện tử tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC.

4. Cách điều chỉnh hóa đơn sai thuế suất trên phần mềm kế toán online MISA AMIS

Sau khi xác định hóa đơn bị sai thuế suất, doanh nghiệp cần phải lựa chọn phương án xử lý phù hợp theo từng trường hợp, chẳng hạn như lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế.

Với doanh nghiệp sử dụng phần mềm kế toán MISA AMIS, kế toán có thể thực hiện nghiệp vụ điều chỉnh hóa đơn trực tiếp trên phần mềm, giúp hạn chế thao tác nhập lại thông tin từ đầu và thuận tiện hơn trong quá trình theo dõi, đối chiếu hóa đơn.

Bước 1: Vào phân hệ Bán hàng, tại tab Hóa đơn. Nhấn Thêm hóa đơn\Hóa đơn điều chỉnh

Bước 2: Chọn hóa đơn được điều chỉnh:

• Trên giao diện Hóa đơn điều chỉnh, nhấn vào biểu tượng kính lúp.
• Thiết lập điều kiện tìm hóa đơn và nhấn Lấy dữ liệu.
• Chọn hóa đơn muốn điều chỉnh và nhấn Đồng ý.

Bước 3: Chương trình sẽ tự động lấy lên các thông tin chung của hóa đơn gốc, kế toán có thể sửa lại các thông tin này (nếu cần).

Sau đó, nhập lý do điều chỉnh hóa đơn như sai thuế suất, sai giá bán…

Bước 4: Khai báo thông tin điều chỉnh hóa đơn

Bước 5: Nhấn Cất và Phát hành hóa đơn điện tử, việc phát hành hóa đơn điều chỉnh tương tự như phát hành hóa đơn điện tử thông thường.

Khi số lượng hóa đơn phát sinh nhiều, việc xác định hóa đơn gốc, nhập lại thông tin và kiểm tra số liệu thủ công có thể khiến kế toán mất thêm thời gian và tăng nguy cơ nhầm lẫn.

Việc thực hiện trực tiếp trên phần mềm giúp kế toán kế thừa thông tin từ hóa đơn gốc, giảm thao tác nhập liệu và thuận tiện hơn khi kiểm tra, đối chiếu dữ liệu.

Khi số lượng hóa đơn phát sinh lớn, việc tìm hóa đơn gốc, nhập lại thông tin và kiểm tra số liệu thủ công có thể khiến kế toán mất nhiều thời gian. Phần mềm kế toán doanh nghiệp hỗ trợ kế toán quản lý tập trung hóa đơn, chứng từ và dữ liệu kế toán, đồng thời kế thừa thông tin từ hóa đơn gốc khi thực hiện nghiệp vụ điều chỉnh giúp giảm thao tác nhập liệu và thuận tiện hơn khi đối chiếu.

5. Kết luận

Xuất hóa đơn sai thuế suất không chỉ gây phiền toái cho doanh nghiệp mà còn có thể dẫn đến các mức phạt không mong muốn nếu không xử lý đúng quy định.

Khi doanh nghiệp phát sinh ngày càng nhiều hóa đơn, việc xử lý sai sót thủ công không chỉ mất thời gian mà còn khiến kế toán phải liên tục kiểm tra, đối chiếu và cập nhật lại số liệu.

MISA AMIS Kế toán hỗ trợ doanh nghiệp quản lý tập trung hóa đơn, chứng từ và dữ liệu kế toán, đồng thời giảm bớt các thao tác thủ công trong quá trình xử lý nghiệp vụ.

Bên cạnh đó, phần mềm còn có nhiều tính năng nổi bật khác có thể kể đến như:

• Quản lý tập trung hóa đơn, chứng từ và dữ liệu kế toán, thuận tiện tra cứu khhi cần xử lý sai sót
• Kế thừa thông tin từ hóa đơn gốc khi thực hiện nghiệp vụ điều chỉnh, giúp giảm nhập liệu lại
• Kế nối với MISA meInvoice, hỗ trợ đồng bộ dữ liệu hóa đơn với phần mềm kế toán
• Tự động hạch toán từ hóa đơn điện tử, giảm thao tác nhập liệu thủ công
• Cảnh báo nhà cung cấp ngừng hoạt động, hỗ trợ kế toán kiểm soát rủi ro liên quan đến hóa đơn đầu vào
• Tổng hợp số liệu và báo cáo, giúp kế toán thuận tiện kiểm tra, đối chiếu và theo dõi tình hình tài chính.

Đăng ký trải nghiệm dùng thử phần mềm kế toán MISA AMIS để tìm ra giải pháp phù hợp với quy trình làm việc của doanh nghiệp.