Hướng dẫn quy trình sắp xếp, lưu trữ chứng từ kế toán khoa học, dễ tìm kiếm

Làm thế nào để lưu trữ chứng từ kế toán một cách khoa học, hợp lý, dễ tìm kiếm khi cần thiết là vấn đề đặt ra hiện nay tại nhiều doanh nghiệp. Việc lưu trữ chứng từ kế toán sau khi hạch toán sổ sách, kết thúc năm tài chính là việc làm hết sức cần thiết và quan trọng. Việc sắp xếp, phân loại lưu trữ chứng từ khoa học giúp bản thân kế toán và doanh nghiệp tiết kiệm thời gian và công sức khi có vấn đề phát sinh liên quan đến những hồ sơ chứng từ kế toán đó. Bài viết dưới đây của phần mềm kế toán MISA AMIS kế toán sẽ hướng dẫn chi tiết hơn để kế toán có thể tham khảo thêm về cách lưu trữ phù hợp, đảm bảo chứng từ được phân loại rõ, có hiệu lực. 

1. Những quy định của pháp luật về lưu trữ chứng từ kế toán

1.1 Các loại chứng từ kế toán

Chứng từ kế toán là một bộ phận của tài liệu kế toán, được lập để ghi nhận các nghiệp vụ kinh tế, tài chính phát sinh và là căn cứ để ghi sổ kế toán, lập báo cáo tài chính.

Tùy theo nội dung nghiệp vụ, chứng từ kế toán có thể bao gồm:

• Chứng từ liên quan đến tiền mặt: Phiếu thu, phiếu chi
• Chứng từ liên quan đến tiền gửi ngân hàng: Ủy nhiệm chi, giấy báo Nợ, giấy báo Có
• Chứng từ liên quan đến mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ: Hóa đơn, hợp đồng và các hồ sơ liên quan đến lao động, tiền lương
• Chứng từ liên quan đến tài sản cố định
• Các chứng từ, tài liệu khác phục vụ việc ghi nhận, kiểm tra và quản lý các nghiệp vụ kinh tế, tài chính của doanh nghiệp

1.2 Thời hạn lưu trữ chứng từ kế toán 

Theo Điều 41 Luật Kế toán và các Điều 12, 13, 14 Nghị định 174/2016/NĐ-CP, tài liệu kế toán được lưu trữ theo 03 mức thời hạn: tối thiểu 05 năm, tối thiểu 10 năm và lưu trữ vĩnh viễn.

• Tài liệu kế toán phải lưu trữ tối thiểu 5 năm:
  • Chứng từ kế toán không sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính như phiếu thu, phiếu chi, phiếu nhập kho, phiếu xuất kho, không lưu trong tập tài liệu kế toán của bộ phận kế toán
  • Tài liệu kế toán dùng cho quản lý, điều hành của đơn vị kế toán nhưng không trực tiếp ghi sổ kế toán và lập BCTC
• Tài liệu kế toán phải lưu trữ tối thiểu 10 năm:
  • Chứng từ kế toán sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập BCTC
  • Bảng kê, bảng tổng hợp chi tiết
  • Sổ kế toán chi tiết, sổ kế toán tổng hợp
  • Báo cáo tài chính tháng, quý, năm
  • Báo cáo quyết toán
  • Báo cáo tự kiểm tra kế toán
  • Biên bản tiêu hủy tài liệu kế toán lưu trữ
  • Các tài liệu khác sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập BCTC
  • Tài liệu kế toán liên quan đến thanh lý, nhượng bán tài sản cố định
  • Báo cáo kết quản kiểm kê và đánh giá tài sản
  • Một số tài liệu kế toán của đơn vị chủ đầu tư
  • Tài liệu liên quan đến thành lập, chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi hình thức sở hữu, chuyển đổi loại hình, giải thể, phá sản, chấm dứt hợp đồng
  • Hồ sơ kiểm toán, than tra, kiểm tra, giám sát của cơ quan có thẩm quyền hoặc tổ chức kiểm toán độc lập theo quy định
  • Các tài liệu khác thuộc trường hợp phải lưu trữ tối thiểu 10 năm theo Điều 13 Nghị định 174/2016/NĐ-CP.
• Tài liệu kế toán phải lưu trữ vĩnh viễn:
  • Tài liệu có tính sử liệu, quan trọng về kinh tế, an ninh, quốc phòng

2. Hướng dẫn sắp xếp và lưu trữ chứng từ kế toán khoa học và dễ tìm kiếm trong doanh nghiệp

Lưu ý: Tại một số doanh nghiệp có những quy định khá rõ ràng, chi tiết về cách lưu trữ hồ sơ, chứng từ kế toán, sổ sách kế toán. Các bạn kế toán nên tuân thủ các quy định của doanh nghiệp. Hướng dẫn mang tính chất tham khảo, các bạn nên linh hoạt vận dụng để phù hợp nhất với doanh nghiệp của mình cũng như có những ý kiến đóng góp, đề xuất sửa đổi các quy định về lưu trữ hiện có của doanh nghiệp để phù hợp, khoa học hơn…

2.1 Chứng từ liên quan đến tiền mặt

Thông thường, chứng từ thu, chi tiền mặt được sắp xếp theo thứ tự thời gian và số chứng từ. Tùy khối lượng phát sinh, doanh nghiệp có thể đóng thành từng tập theo tuần hoặc theo tháng để thuận tiện kiểm tra, đối chiếu và tra cứu.

Hồ sơ thanh toán có thể được lưu cùng phiếu thu, phiếu chi và các chứng từ liên quan như giấy đề nghị thanh toán, đề nghị tạm ứng, hóa đơn, biên bản bàn giao, phiếu xuất kho…

Đối với hóa đơn điện tử, doanh nghiệp cần lưu trữ đầy đủ dữ liệu hóa đơn điện tử theo quy định; có thể lưu thêm bản thể hiện PDF để thuận tiện tra cứu, đối chiếu. Không nên chỉ lưu bản thể hiện PDF mà bỏ dữ liệu hóa đơn điện tử.

2.2. Chứng từ liên quan đến ngân hàng

Chứng từ ngân hàng có thể được sắp xếp theo từng ngân hàng, từng tài khoản và theo tháng hoặc quý. Hồ sơ có thể bao gồm sao kê ngân hàng, giấy báo Nợ, giấy báo Có, ủy nhiệm chi và các chứng từ liên quan đến giao dịch.

Doanh nghiệp có thể lưu sao kê điện tử hoặc bản giấy tùy theo hình thức nhận và lưu trữ chứng từ của ngân hàng.

Đối với hồ sơ vay, có thể lưu theo từng khoản vay hoặc từng hợp đồng, bao gồm hợp đồng vay, phụ lục, khế ước nhận nợ và các tài liệu liên quan.

Xem thêm: Các vấn đề cơ bản về sổ sách kế toán của doanh nghiệp

2.3. Hồ sơ, tài liệu liên quan đến hợp đồng

Doanh nghiệp có thể phân loại hồ sơ theo hợp đồng mua vào, bán ra, khách hàng, nhà cung cấp hoặc từng dự án.

Hồ sơ có thể bao gồm hợp đồng, phụ lục hợp đồng, biên bản giao nhận, nghiệm thu, thanh lý và các tài liệu liên quan. Với doanh nghiệp có nhiều dự án, có thể lập folder riêng cho từng dự án để thuận tiện quản lý và tra cứu.

2.4. Chứng từ liên quan đến hóa đơn

Đối với hóa đơn đầu vào: Doanh nghiệp có thể sắp xếp theo tháng, quý, năm hoặc theo từng nhóm giao dịch, nhà cung cấp; đồng thời lưu cùng hồ sơ mua hàng, nhập kho, thanh toán và các chứng từ kế toán liên quan.

Đối với hóa đơn đầu ra: Có thể sắp xếp theo tháng, quý, năm hoặc theo từng khách hàng, hợp đồng, giao dịch; đồng thời lưu cùng hồ sơ bán hàng, xuất kho, thanh toán và các chứng từ liên quan.

Doanh nghiệp có thể tổ chức folder theo từng loại thuế, năm tài chính hoặc kỳ kê khai để thuận tiện tra cứu. Đây là phương pháp quản lý nội bộ, không phải hình thức lưu trữ bắt buộc duy nhất.

2.5. Hóa đơn điện tử

Đối với hóa đơn điện tử, doanh nghiệp cần bảo quản, lưu trữ dữ liệu hóa đơn điện tử bảo đảm an toàn, bảo mật, toàn vẹn, đầy đủ và có thể truy cập, tra cứu trong thời gian lưu trữ theo quy định.

Khi lưu trữ trên hệ thống, doanh nghiệp có thể đồng thời lưu dữ liệu hóa đơn điện tử và bản thể hiện PDF để thuận tiện kiểm tra, đối chiếu. Trong đó, không nên chỉ lưu bản PDF mà bỏ dữ liệu hóa đơn điện tử.

Lưu ý: Định dạng dữ liệu hóa đơn điện tử cần được lưu theo yêu cầu của pháp luật và hệ thống cung cấp hóa đơn điện tử. Không nên hiểu rằng việc lưu đồng thời PDF và XML là điều kiện duy nhất để hóa đơn có giá trị pháp lý.

Xem thêm: Hướng dẫn lập tờ khai thuế giá trị gia tăng mới nhất

2.6. Hồ sơ khai thuế

Sau khi gửi hồ sơ khai thuế điện tử, kế toán nên lưu hồ sơ đã nộp cùng các thông báo, chứng từ điện tử phản hồi của hệ thống thuế về việc tiếp nhận hoặc không tiếp nhận hồ sơ.

Trường hợp có hồ sơ khai bổ sung, giải trình hoặc tài liệu trao đổi với cơ quan thuế, doanh nghiệp cũng nên lưu cùng bộ hồ sơ của kỳ kê khai để thuận tiện kiểm tra và đối chiếu khi cần thiết.

2.7. Chứng từ lao động, tiền lương

Bảng chấm công, bảng thanh toán tiền lương và các hồ sơ liên quan có thể được sắp xếp theo năm, trong đó phân loại theo từng tháng và theo thứ tự thời gian.

Doanh nghiệp có thể lưu cùng hồ sơ tiền lương các tài liệu liên quan đến tính và thanh toán tiền lương để thuận tiện kiểm tra, đối chiếu.

2.8. Chứng từ nhập, xuất kho

Phiếu nhập kho có thể được sắp xếp theo thời gian, lưu cùng đề nghị mua hàng, biên bản giao nhận và các chứng từ liên quan.

Phiếu xuất kho có thể được sắp xếp theo thời gian, lưu cùng đề nghị xuất kho, biên bản giao nhận và các hồ sơ liên quan.

Thời hạn lưu trữ phiếu nhập kho, phiếu xuất kho được xác định căn cứ vào vai trò của chứng từ trong công tác kế toán. Theo Nghị định 174/2016/NĐ-CP, chứng từ không sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính thuộc nhóm tài liệu lưu trữ tối thiểu 5 năm; chứng từ sử dụng trực tiếp để ghi sổ kế toán và lập báo cáo tài chính thuộc nhóm lưu trữ tối thiểu 10 năm, trừ trường hợp pháp luật có quy định thời hạn dài hơn.

2.9. Chứng từ liên quan đến tài sản cố định

Doanh nghiệp có thể lập hồ sơ riêng cho từng tài sản cố định, bao gồm chứng từ mua tài sản, hợp đồng, hóa đơn, tài liệu kỹ thuật, biên bản bàn giao, chứng từ ghi tăng, khấu hao, kiểm kê và hồ sơ thanh lý, nhượng bán nếu có.

Việc sắp xếp hồ sơ theo từng tài sản giúp doanh nghiệp thuận tiện theo dõi quá trình hình thành, sử dụng, khấu hao và xử lý tài sản.

Xem thêm: Mô tả công việc kế toán kho và những điều cơ bản cần biết

2.10. Hồ sơ công nợ

Hồ sơ công nợ có thể được phân loại theo từng khách hàng, nhà cung cấp hoặc hợp đồng. Tùy đặc điểm hoạt động, doanh nghiệp có thể lưu cùng hồ sơ các tài liệu như hợp đồng, phụ lục hợp đồng, hóa đơn, chứng từ giao nhận, chứng từ thanh toán, biên bản đối chiếu công nợ, thỏa thuận cấn trừ và các tài liệu xử lý công nợ liên quan.

2.11. Lưu trữ và quản lý chứng từ kế toán

Doanh nghiệp cần bảo quản đầy đủ, an toàn tài liệu kế toán trong quá trình sử dụng và lưu trữ. Tài liệu kế toán phải được đưa vào lưu trữ trong thời hạn 12 tháng kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm hoặc kết thúc công việc kế toán. Thời hạn lưu trữ tối thiểu được xác định theo từng nhóm tài liệu: 5 năm, 10 năm hoặc lưu trữ vĩnh viễn theo quy định của pháp luật.

Đối với tài liệu thuộc các trường hợp đặc thù như quyết toán dự án hoàn thành, thành lập, chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình, giải thể, phá sản hoặc hồ sơ kiểm toán, thanh tra, kiểm tra, thời điểm tính thời hạn lưu trữ được thực hiện theo quy định riêng tại Điều 15 Nghị định 174/2016/NĐ-CP.

Doanh nghiệp có thể kết hợp lưu trữ chứng từ bản giấy và dữ liệu điện tử để thuận tiện tra cứu, sao lưu và hạn chế rủi ro mất mát. Việc số hóa, scan tài liệu phục vụ tra cứu không mặc nhiên làm thay đổi yêu cầu về hình thức lưu trữ đối với từng loại tài liệu theo quy định pháp luật.

Lưu ý: Các cách sắp xếp theo tuần, tháng, quý, khách hàng, nhà cung cấp, dự án hoặc từng loại nghiệp vụ nêu trên là phương pháp quản lý nội bộ. Doanh nghiệp có thể điều chỉnh cách tổ chức hồ sơ phù hợp với quy mô và đặc điểm hoạt động, nhưng phải bảo đảm tài liệu kế toán được bảo quản đầy đủ, an toàn và lưu trữ đúng thời hạn theo quy định.

Phần mềm Kế toán online MISA đáp ứng đầy đủ hệ thống chứng từ, nghiệp vụ kế toán doanh nghiệp theo Thông tư 99, Thông tư 133. Giúp kế toán đảm bảo hoạt động lưu trữ chứng từ, sổ sách kế toán và dễ dàng tin ấn để lưu trữ theo đúng quy định.

Dùng ngay miễn phí

3. Một số kinh nghiệm sắp xếp lưu trữ hồ sơ chứng từ kế toán

3.1 Đối với hồ sơ bản cứng

• Doanh nghiệp nên xây dựng quy định nội bộ về trình tự sắp xếp các hồ sơ trong một bộ chứng từ để thuận tiện cho việc kiểm tra, đối chiếu và tra cứu. Việc sắp xếp hồ sơ theo trình tự thống nhất giúp công tác kiểm tra, thống kê và lưu trữ chứng từ kế toán được khoa học, rõ ràng hơn.
• Mỗi tập chứng từ có thể bố trí trang bìa và bảng kê ở trang đầu hoặc trang lót để thuận tiện xác định thành phần hồ sơ và tra cứu khi cần thiết.
• Doanh nghiệp có thể sử dụng chỉ thị màu, mã phân loại hoặc ký hiệu riêng để phân loại các nhóm chứng từ. Cách làm này giúp nhận diện và tìm kiếm hồ sơ nhanh chóng hơn.
• Đối với một số loại chứng từ, hồ sơ có thể được lập thẻ theo dõi hoặc bảng theo dõi riêng, tương tự cách quản lý thẻ kho, nhằm thuận tiện cập nhật tình trạng và tra cứu hồ sơ.

3.2 Đối với hồ sơ bản mềm

• Doanh nghiệp nên xây dựng quy định thống nhất về cách đặt tên file, mã hóa và phân loại các loại hồ sơ, chứng từ điện tử để thuận tiện quản lý, tra cứu và sao lưu.
• Đối với hồ sơ được tổ chức theo sơ đồ thư mục nhiều tầng, doanh nghiệp có thể đặt số thứ tự ở đầu tên file hoặc thư mục để các tài liệu được sắp xếp theo trình tự nhất định.

 

Ví dụ:

1. Hợp đồng kinh tế_Final_01072026
2. Biên bản nghiệm thu sản phẩm hoàn thành_05072026
3. Đề nghị thanh toán_05072026
4. Thanh lý hợp đồng_05072026

Doanh nghiệp nên quy định thống nhất cách đặt tên file, định dạng lưu trữ, quyền truy cập và phương thức sao lưu dữ liệu để hạn chế tình trạng thất lạc, trùng lặp hoặc khó tra cứu hồ sơ.

3.3. Đối với khu vực lưu trữ hồ sơ

Đối với hồ sơ, chứng từ kế toán bản giấy, doanh nghiệp cần bố trí khu vực hoặc kho lưu trữ phù hợp, bảo đảm tài liệu được bảo quản đầy đủ, an toàn, hạn chế các nguy cơ mất mát, hư hỏng, ẩm mốc, mối mọt và cháy nổ.

Doanh nghiệp có thể sử dụng giá, kệ và hộp lưu trữ phù hợp; đồng thời kiểm tra định kỳ tình trạng hồ sơ và thực hiện các biện pháp phòng cháy, chữa cháy, chống ẩm, chống mối mọt theo điều kiện thực tế.

Theo quy định về lưu trữ tài liệu kế toán, doanh nghiệp phải bảo quản đầy đủ, an toàn tài liệu kế toán và đưa tài liệu vào lưu trữ trong thời hạn theo quy định. Thời hạn lưu trữ được xác định tùy theo từng loại tài liệu, trong đó có nhóm lưu trữ tối thiểu 5 năm, nhóm tối thiểu 10 năm và tài liệu có giá trị lịch sử phải lưu trữ vĩnh viễn. Việc xác định thời hạn và thời điểm bắt đầu tính thời hạn đối với một số loại tài liệu đặc thù thực hiện theo quy định của pháp luật về kế toán.

3.4. Lưu trữ chứng từ điện tử

Cùng với việc số hóa hoạt động kế toán, doanh nghiệp ngày càng sử dụng nhiều chứng từ điện tử, dữ liệu kế toán điện tử và hóa đơn điện tử. Việc lưu trữ điện tử giúp doanh nghiệp giảm nhu cầu bảo quản hồ sơ giấy, hạn chế nguy cơ mất mát, hư hỏng và thuận tiện hơn khi tìm kiếm, đối chiếu dữ liệu.

Đối với hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử, doanh nghiệp cần bảo quản, lưu trữ dữ liệu theo quy định của pháp luật, bảo đảm dữ liệu được an toàn, bảo mật, toàn vẹn, đầy đủ và có thể truy cập, tra cứu trong thời gian lưu trữ.

Doanh nghiệp có thể lưu trữ dữ liệu hóa đơn điện tử cùng bản thể hiện PDF để thuận tiện tra cứu, đối chiếu. Tuy nhiên, không nên chỉ lưu bản PDF mà bỏ dữ liệu hóa đơn điện tử cần được bảo quản theo quy định.

Từ ngày 01/07/2026, việc quản lý, sử dụng và lưu trữ hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử được thực hiện theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định số 254/2026/NĐ-CP và Thông tư số 91/2026/TT-BTC.

Doanh nghiệp cũng cần lưu ý rằng việc scan hoặc số hóa tài liệu để thuận tiện tra cứu không mặc nhiên làm thay đổi yêu cầu pháp lý về hình thức và thời hạn lưu trữ đối với từng loại tài liệu.

Phần mềm MISA AMIS Kế toán cho phép tra cứu, tìm kiếm chứng từ rất dễ dàng và nhanh chóng. Đồng thời, phần mềm còn cung cấp đầy đủ các báo cáo theo đúng quy định như doanh thu, chi phí, lãi lỗ, công nợ, tồn kho,… để trở thành công cụ quản lý tài chính đầy tiện ích cho kế toán nói riêng và chủ doanh nghiệp nói chung.

Ngoài ra, Anh/Chị kế toán doanh nghiệp có thể đăng ký phần mềm kế toán online MISA AMIS Kế toán để thực tế trải nghiệm một giải pháp với nhiều tính năng, tiện ích như:

• Hệ sinh thái kết nối:
  • Hoá đơn điện tử – cho phép xuất hoá đơn ngay trên phần mềm
  • Ngân hàng điện tử – cho phép lấy sổ phụ, đối chiếu và chuyển tiền ngay trên phần mềm
  • Cổng mTax cho phép nộp tờ khai, nộp thuế ngay trên phần mềm
  • Hệ thống quản trị bán hàng, nhân sự…
• Đầy đủ các nghiệp vụ kế toán: Đầy đủ 20 nghiệp vụ kế toán theo TT133 & TT200, từ Quỹ, Ngân hàng, Mua hàng, Bán hàng, Kho, Hóa đơn, Thuế, Giá thành,…
• Tự động nhập liệu: Tự động nhập liệu từ hóa đơn điện tử, nhập khẩu dữ liệu từ Excel giúp rút ngắn thời gian nhập chứng từ, tránh sai sót.
• Tự động tổng hợp số liệu và kết xuất báo cáo tài chính với hàng trăm biểu mẫu có sẵn giúp kế toán đáp ứng kịp thời yêu cầu của lãnh đạo ….

Nhanh tay đăng ký trải nghiệm 15 ngày miễn phí bản demo phần mềm kế toán online MISA AMIS để thực tế cảm nhận.