Doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh có bị thanh tra thuế không?

Tạm ngừng kinh doanh có bị thanh tra thuế không là điều mà  nhiều chủ doanh nghiệp lo ngại. Bài viết này sẽ giúp bạn hiểu rõ quy định pháp luật liên quan, hồ sơ cần chuẩn bị, quyền – trách nhiệm khi bị kiểm tra-thanh tra thuế, đặc biệt trong giai đoạn doanh nghiệp đang tạm ngừng kinh doanh.

1. Tạm ngừng kinh doanh là gì? Thanh tra thuế là gì?

Căn cứ khoản 2 Điều 35 Nghị định 168/2025/NĐ-CP, “tạm ngừng kinh doanh” là tình trạng pháp lý của doanh nghiệp đang trong thời gian tạm ngừng kinh doanh theo quy định tại Nghị định này, phù hợp với quy định tại khoản 1 Điều 206 Luật Doanh nghiệp 2020.

• Ngày bắt đầu tạm ngừng là thời điểm doanh nghiệp đăng ký tạm ngừng kinh doanh với Cơ quan đăng ký kinh doanh
• Ngày kết thúc là ngày hết hạn tạm ngừng đã thông báo, hoặc ngày doanh nghiệp đăng ký tiếp tục kinh doanh trước thời hạn (nếu muốn kết thúc sớm hơn).

Thanh tra thuế là quá trình cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, rà soát tình hình kê khai, nộp thuế và thực hiện nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp, nhằm đảm bảo tuân thủ pháp luật thuế.

Từ 01/07/2026, ngành thuế không còn thủ tục “thanh tra thuế” riêng; hoạt động này được thực hiện thông qua cơ chế kiểm tra thuế theo Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, dựa trên nền tảng dữ liệu điện tử, hóa đơn điện tử và nguyên tắc quản lý rủi ro. Trọng tâm của Luật là thiết lập cơ chế tự động hóa tối đa nhằm giảm thiểu tiếp xúc trực tiếp giữa cán bộ thuế và doanh nghiệp.

2. Hồ sơ và thủ tục làm tạm ngừng kinh doanh

Theo quy định tại khoản 2 Điều 60 Nghị định 168/2025/NĐ-CP và Thông tư 68/2025/TT-BTC, hồ sơ đăng ký tạm ngừng kinh doanh bao gồm:

• Thông báo về việc tạm ngừng kinh doanh (Mẫu số 27 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 68/2025/TT-BTC).
• Nghị quyết hoặc quyết định về việc tạm ngừng kinh doanh, tùy theo loại hình doanh nghiệp (của chủ sở hữu, Hội đồng thành viên hoặc Hội đồng quản trị).
• Bản sao biên bản họp (áp dụng với các doanh nghiệp có cơ cấu đồng quản lý như Hội đồng thành viên hoặc Hội đồng quản trị, tùy trường hợp).

Doanh nghiệp thực hiện đăng ký tạm ngừng kinh doanh theo trình tự dưới đây:

Bước 1: Gửi hồ sơ

• Nộp hồ sơ tại Phòng Đăng ký kinh doanh nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính.
• Thời hạn nộp: Chậm nhất 03 ngày làm việc trước ngày bắt đầu tạm ngừng.

Bước 2: Nhận giấy biên nhận

• Sau khi tiếp nhận hồ sơ, Phòng Đăng ký kinh doanh sẽ cấp Giấy biên nhận và tiến hành kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ.

Bước 3: Nhận giấy xác nhận tạm ngừng kinh doanh

• Nếu hồ sơ hợp lệ, cơ quan đăng ký kinh doanh sẽ cấp Giấy xác nhận về việc tạm ngừng kinh doanh trong vòng 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.

Bước 4: Cập nhật trạng thái trên hệ thống

• Tình trạng pháp lý của doanh nghiệp và các đơn vị trực thuộc (chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh) sẽ được cập nhật trên Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.

3. Doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh có bị thanh tra thuế không?

Kể từ ngày 01/07/2026, Luật Quản lý thuế 2025 (Luật số 108/2025/QH15) chính thức có hiệu lực với một thay đổi mang tính bước ngoặt: bãi bỏ thủ tục “thanh tra thuế” riêng trong ngành thuế và chuyển sang cơ chế kiểm tra thuế trên nền tảng dữ liệu điện tử, hóa đơn điện tử theo nguyên tắc quản lý rủi ro.

Trong thời gian tạm ngừng kinh doanh, doanh nghiệp vẫn phải tuân thủ các quy định về thuế. Cụ thể:

• Về hồ sơ khai thuế: Doanh nghiệp không phải nộp hồ sơ khai thuế, trừ trường hợp tạm ngừng không trọn tháng, quý, năm dương lịch hoặc năm tài chính thì vẫn phải nộp hồ sơ khai thuế tháng, quý và hồ sơ quyết toán năm theo quy định.
• Về hóa đơn: Trong thời gian tạm ngừng, doanh nghiệp không được sử dụng hóa đơn và không phải nộp báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn, trừ khi được cơ quan thuế chấp thuận sử dụng hóa đơn theo quy định thì phải nộp hồ sơ khai thuế và báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn.
• Về chấp hành quyết định của cơ quan thuế: Doanh nghiệp phải chấp hành các quyết định, thông báo của cơ quan quản lý thuế về đôn đốc thu nợ, cưỡng chế thi hành quyết định hành chính về quản lý thuế, kiểm tra việc chấp hành pháp luật thuế và xử lý hành vi vi phạm hành chính về quản lý thuế.

Theo đó, doanh nghiệp trong thời gian tạm ngừng kinh doanh vẫn phải chấp hành theo các quy định, thông báo của cơ quan quản lý thuế như cưỡng chế nợ thuế, kiểm tra việc tuân thủ thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có). ngay cả khi tạm ngừng kinh doanh, doanh nghiệp vẫn có thể bị thanh tra, kiểm tra về thuế. Như vậy, trong quá trình tạm ngừng kinh doanh, doanh nghiệp vẫn có thể bị thanh, kiểm tra về thuế.

4. Quyền và trách nhiệm của doanh nghiệp khi tạm ngừng kinh doanh trong kiểm tra/thanh tra thuế

Quyền của doanh nghiệp khi đang tạm ngừng kinh doanh

Ngay cả khi đã nộp hồ sơ tạm ngừng kinh doanh hợp lệ, doanh nghiệp vẫn có các quyền hợp pháp trong quá trình bị kiểm tra thuế:

• Được thông báo/công bố quyết định kiểm tra thuế bằng văn bản trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra tại trụ sở.
• Được từ chối việc kiểm tra tại trụ sở khi cơ quan thuế không có quyết định kiểm tra tại trụ sở của cơ quan có thẩm quyền.
• Được giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra thuế.
• Được khiếu nại, khởi kiện về quyết định, hành vi của cơ quan quản lý thuế; về kết luận kiểm tra, quyết định xử lý sau kiểm tra theo quy định của pháp luật về khiếu nại. Trong khi chờ giải quyết, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện các quyết định đó.
• Được nhận biên bản kiểm tra thuế và yêu cầu giải thích nội dung biên bản kiểm tra thuế.
• Được từ chối cung cấp thông tin, tài liệu không liên quan đến nội dung kiểm tra, hoặc thuộc bí mật Nhà nước (trừ trường hợp pháp luật có quy định khác).
• Được yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật về trách nhiệm bồi thường của Nhà nước nếu bị cơ quan quản lý thuế, công chức quản lý thuế gây thiệt hại trái pháp luật.
• Được tố cáo hành vi vi phạm pháp luật của công chức, đoàn kiểm tra thuế theo quy định của pháp luật.

Trách nhiệm của doanh nghiệp

• Thông báo tạm ngừng kinh doanh: Căn cứ Điều 206 Luật Doanh nghiệp 2020, doanh nghiệp phải gửi thông báo tạm ngừng đến Cơ quan đăng ký kinh doanh ít nhất 03 ngày làm việc trước ngày dự kiến tạm ngừng.
• Chấp hành quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của cơ quan quản lý thuế; cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác, trung thực thông tin, tài liệu liên quan; ký biên bản kiểm tra thuế đúng thời hạn; chấp hành kết luận, quyết định xử lý kết quả kiểm tra. Khi cơ quan quản lý thuế kiểm tra thuế, người nộp thuế có nghĩa vụ chấp hành quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; cung cấp kịp thời, đầy đủ, chính xác, trung thực các thông tin, tài liệu liên quan đến nội dung kiểm tra thuế; ký biên bản kiểm tra thuế trong thời hạn quy định; chấp hành kết luận, quyết định xử lý kết quả kiểm tra thuế.
• Cung cấp đầy đủ hồ sơ, tài liệu, chứng từ kế toán khi cơ quan thuế yêu cầu.
• Phối hợp làm việc nghiêm túc với đoàn kiểm tra theo đúng thời gian quy định.
• Thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính, nộp các khoản thuế còn nợ (nếu có).
• Không được che giấu, hủy bỏ hoặc làm sai lệch thông tin phục vụ kiểm tra. Đây còn là hành vi bị nghiêm cấm: Chống đối, trì hoãn, không cung cấp thông tin, tài liệu cần thiết phục vụ kiểm tra thuế.

Trường hợp bị yêu cầu tạm ngừng/chấm dứt hoạt động

Trong một số trường hợp, doanh nghiệp có thể bị cơ quan nhà nước yêu cầu tạm ngừng hoặc chấm dứt hoạt động kinh doanh, bao gồm:

• Khi không đáp ứng đủ điều kiện đối với ngành, nghề kinh doanh có điều kiện hoặc ngành, nghề có điều kiện tiếp cận với nhà đầu tư nước ngoài.
• Theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền về quản lý thuế, môi trường hoặc quy định pháp luật khác liên quan.
• Theo quyết định của Tòa án về đình chỉ hoạt động hoặc chấm dứt kinh doanh một/một số lĩnh vực cụ thể.

Trong thời gian tạm ngừng, doanh nghiệp vẫn phải hoàn thành nghĩa vụ tài chính (nộp thuế, bảo hiểm xã hội, y tế, thất nghiệp chưa thanh toán), tiếp tục thanh toán các khoản nợ và hoàn tất các hợp đồng đã ký với khách hàng, người lao động (trừ trường hợp có thỏa thuận khác).

5. Nguyên tắc kiểm tra, thanh tra thuế

Theo Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 (Luật số 108/2025/QH15), có hiệu lực từ ngày 01/07/2026 (thay thế Luật Quản lý thuế 2019), việc kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp phải tuân theo các nguyên tắc cơ bản sau:

• Áp dụng quản lý rủi ro và công nghệ thông tin trong quá trình kiểm tra, thanh tra thuế nhằm nâng cao hiệu quả và minh bạch.
• Tuân thủ đúng quy định pháp luật về nội dung, trình tự, thủ tục, hồ sơ và biểu mẫu theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.
• Không được cản trở hoạt động bình thường của người nộp thuế trong quá trình thực hiện kiểm tra, thanh tra.
• Phải có quyết định kiểm tra/ thanh tra bằng văn bản khi thực hiện tại trụ sở doanh nghiệp.
• Việc kiểm tra nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác, trung thực của hồ sơ, chứng từ và nghĩa vụ thuế. Doanh nghiệp có quyền cung cấp, giải trình và bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình theo đúng quy định.

6. Giải đáp một số câu hỏi thường gặp

– Nợ thuế có được tạm ngừng kinh doanh không?

Hiện tại không có quy định nào không cho phép doanh nghiệp đang nợ tiền thuế không được tạm ngừng kinh doanh, tuy nhiên cần lưu ý: việc nợ thuế không làm mất quyền tạm ngừng, nhưng không làm chấm dứt nghĩa vụ nộp thuế.

Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp nợ thuế vẫn phải hoàn tất nghĩa vụ tài chính với cơ quan thuế, kể cả trong thời gian tạm ngừng hoạt động. Trong một số trường hợp, cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp cam kết hoặc giải trình lý do nợ thuế trước khi chấp thuận hồ sơ tạm ngừng.

Ngoài ra, việc nợ thuế cũng có thể khiến doanh nghiệp bị thanh tra hoặc đưa vào diện rủi ro cao trong quá trình quản lý thuế – ngay cả khi đã tạm ngừng hoạt động.

– Sự khác biệt giữa tạm ngừng kinh doanh và giải thể doanh nghiệp?

Sự khác biệt về tạm ngừng kinh doanh, giải thể và phá sản được tóm tắt theo nội dung tại bảng dưới đây:

– Thời hạn kiểm tra thuế là bao lâu?

Theo điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 (Luật số 108/2025/QH15), có hiệu lực từ 01/07/2026, thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được quy định như sau:

• Trường hợp kiểm tra thông thường: Thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 ngày, kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày.
• Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết (chuyển giá): Doanh nghiệp có giao dịch liên kết thì thời hạn kiểm tra thuế là không quá 40 ngày, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 40 ngày. Đây là điểm hoàn toàn mới, vì trước đây, Luật Quản lý thuế 2019 chưa phân biệt kiểm tra chuyển giá với kiểm tra thuế thông thường.
• Trường hợp có yếu tố nước ngoài: Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài thì thời hạn kiểm tra thuế có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm.
• Một số lưu ý quan trọng về cách tính thời hạn:
  • Thời hạn được tính từ ngày công bố quyết định kiểm tra (không phải từ ngày ký quyết định).
  • Thời hạn kiểm tra không bao gồm thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế.
  • Với một số trường hợp (kiểm tra định kỳ, tái cơ cấu doanh nghiệp): một số trường hợp kiểm tra tại trụ sở chỉ được thực hiện tối đa 1 lần/năm.

– Quyết định kiểm tra thuế & các trường hợp kiểm tra tại trụ sở

Thủ tục “thanh tra thuế” quy định tại Điều 114 Luật Quản lý thuế 2019 đã được bãi bỏ. Thay vào đó, việc kiểm tra đối với doanh nghiệp được thực hiện trên cơ sở quyết định kiểm tra thuế theo Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025.

Căn cứ quy định tại khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Cơ quan Thuế sẽ thực hiện kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế đối với 9 trường hợp cụ thể. Cụ thể gồm:

• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
• Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế.
• Trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề.
• Trường hợp theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền.
• Người nộp thuế có rủi ro cao thuộc trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh (quy định mới bổ sung nội dung “có rủi ro cao”).
• Trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025.
• Trường hợp kiểm tra theo yêu cầu của việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
• Trường hợp hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.

– Doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh có phải nộp hồ sơ khai thuế không?

Nếu tạm ngừng kinh doanh trọn kỳ khai thuế như ( trọn  tháng, quý, hoặc năm) doanh nghiệp không cần nộp hồ sơ khai thuế. Tuy nhiên, nếu tạm ngừng không trọn tháng, quý, hoặc năm, doanh nghiệp vẫn phải nộp hồ sơ khai thuế.

7. Chủ doanh nghiệp cần làm gì để tránh rủi ro bị thanh tra thuế

Việc bị thanh tra thuế không chỉ gây gián đoạn hoạt động kinh doanh mà còn tiềm ẩn nhiều rủi ro pháp lý và chi phí phát sinh. Để hạn chế rủi ro và chủ động trong quản lý thuế, chủ doanh nghiệp nên thực hiện tốt các việc sau:

• Xác định rõ vai trò của quản lý thuế trong hoạt động doanh nghiệp: Việc tuân thủ nghĩa vụ thuế không chỉ là trách nhiệm của kế toán. Chủ doanh nghiệp cần xem đây là một phần trong hoạt động quản trị. Cần nắm được các nghĩa vụ cơ bản như kê khai, nộp thuế, quyết toán và các loại thuế chính doanh nghiệp phải thực hiện như thuế GTGT, thuế TNDN, thuế TNCN, cũng như các quy định về hóa đơn điện tử.
• Kê khai và nộp thuế đúng hạn, đúng số liệu: Tờ khai thuế, báo cáo tài chính và hóa đơn phải thống nhất. Các sai lệch giữa dữ liệu báo cáo với hóa đơn, giữa doanh thu thực tế và doanh thu đã kê khai, hoặc kê khai chậm, nộp muộn đều có thể bị hệ thống của cơ quan thuế ghi nhận là rủi ro.
• Lưu trữ đầy đủ hồ sơ kế toán và chứng từ: Doanh nghiệp phải lưu đủ hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, bảng kê chi tiết, bảng lương và các tài liệu liên quan. Tất cả thông tin này cần phản ánh đúng thực tế giao dịch. Không được sử dụng hóa đơn đầu vào không rõ nguồn gốc hoặc không có hoạt động kinh tế thực sự đứng sau.
• Kiểm soát chi phí chặt chẽ, không ghi nhận chi phí không hợp lệ: Các khoản chi phí không có đầy đủ chứng từ hợp lệ, không phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh, hoặc vượt định mức quy định sẽ không được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế. Việc ghi nhận sai có thể dẫn đến truy thu và bị xử phạt khi thanh tra.
• Thực hiện rà soát nội bộ định kỳ: Doanh nghiệp nên tự kiểm tra định kỳ báo cáo thuế, báo cáo tài chính và đối chiếu dữ liệu. Nếu phát hiện sai sót, cần điều chỉnh kịp thời trước khi bị kiểm tra chính thức. Trường hợp cần thiết, có thể thuê đơn vị kiểm toán hoặc tư vấn thuế kiểm tra độc lập để đánh giá lại hệ thống kế toán và thuế của doanh nghiệp.
• Giữ thái độ hợp tác và minh bạch khi bị thanh tra: Khi có quyết định thanh tra thuế, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, sắp xếp người có chuyên môn làm việc với đoàn thanh tra và cung cấp thông tin trung thực. Việc trì hoãn, thiếu hợp tác hoặc cung cấp thông tin sai có thể dẫn đến đánh giá tiêu cực và xử lý nghiêm theo quy định.

Kết luận

Dù doanh nghiệp tạm ngừng kinh doanh, việc tuân thủ các quy định về thuế vẫn là điều bắt buộc. Doanh nghiệp có thể bị thanh tra, kiểm tra thuế nếu cơ quan thuế phát hiện vi phạm hoặc cần xác minh thông tin. Vì vậy, các doanh nghiệp cần đảm bảo thực hiện đúng và đủ các nghĩa vụ thuế, ngay cả trong thời gian tạm ngừng, để tránh những rủi ro pháp lý không mong muốn.

MISA không chỉ cung cấp kiến thức chuyên sâu về kế toán giúp các doanh nghiệp nắm vững quy trình, mà còn phát triển phần mềm kế toán toán online MISA AMIS. Đây là một giải pháp tài chính kế toán tích hợp, thông minh, dễ sử dụng và an toàn, phù hợp với mọi nhu cầu của doanh nghiệp với nhiều tính năng:

• Kết nối hệ sinh thái: Liên kết trực tiếp với ngân hàng điện tử, hóa đơn điện tử và các hệ thống quản lý như bán hàng, nhân sự, giúp doanh nghiệp hoàn thành nghĩa vụ thuế và quản lý hoạt động kinh doanh nhanh chóng, hiệu quả.
• Hỗ trợ đầy đủ nghiệp vụ kế toán: Tích hợp đầy đủ các nghiệp vụ kế toán theo quy định TT133 và TT99, bao gồm các lĩnh vực như Quỹ, Ngân hàng, Mua bán hàng, Kho bãi, Hóa đơn, Thuế, Giá thành sản phẩm, và nhiều nghiệp vụ khác.
• Tự động nhập liệu: Tự động hóa nhập liệu từ hóa đơn điện tử và khả năng nhập dữ liệu từ Excel, giúp rút ngắn thời gian làm việc và giảm thiểu sai sót.

Với những ưu điểm vượt trội, phần mềm kế toán online MISA AMIS là lựa chọn lý tưởng cho các doanh nghiệp muốn tối ưu hóa quản lý tài chính và kế toán.

Đăng ký nhận tư vấn và dùng thử 15 ngày miễn phí ngay tại đây