Hướng dẫn các trường hợp hoàn thuế GTGT dự án đầu tư theo Nghị định 49/2022/NĐ-CP

Hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư là chính sách hỗ trợ của Nhà nước nhằm tạo điều kiện cho những doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư và những doanh nghiệp có dự án đầu tư mới. Các cơ sở đang hoạt động sản xuất kinh doanh (SXKD) có dự án đầu tư mới rất quan tâm đến vấn đề hoàn thuế cho trường hợp này. Hãy theo dõi bài viết để có cái nhìn chi tiết nhất về vấn đề hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư mới.

Ngày 29/7/2022, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 49/2022/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 12/09/2022 quy định về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18 tháng 12 năm 2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Nghị định số 12/2015/NĐ-CP, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Nghị định số 146/2017/NĐ-CP. Theo đó, các nội dung về trường hợp hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư như sau:

– Quy định lại trường hợp được hoàn thuế GTGT từ dự án đầu tư

– Hướng dẫn chi tiết hơn về hoàn thuế GTGT dự án đầu tư mới của CSKD ngành nghề kinh doanh có điều kiện.

– Quy định rõ hơn các trường hợp không được hoàn thuế mà chuyển kê khai khấu trừ kỳ sau đối với trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế.

Bài viết cập nhật quy định mới về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư tại điểm khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP, so sánh điểm thay đổi với quy định cũ tại khoản 6 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP. 

1. Trường hợp được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

Nghị định 100/2016/NĐ-CP (quy định cũ):

– Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Trường hợp, nếu số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng và phải chịu trách nhiệm về quyết định của mình.

– Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh tại trụ sở chính, sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư, trừ trường hợp quy định tại điểm c khoản này. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với dự án đầu tư.

Nghị định 49/2022/NĐ-CP (quy định mới):

Cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ (bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư) có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư) tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng. Quy định này không áp dụng với các trường hợp sau:

– Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh. Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động 

– Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01 tháng 7 năm 2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư, trừ dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí.

– Dự án đầu tư xây dựng nhà để bán. 

– Dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định.

Cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng riêng đối với dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra, kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả thanh tra, kiểm tra, kiểm toán để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng.

Xem thêm: Nghị định 49/2022/NĐ-CP sửa đổi các trường hợp giá đất được trừ để tính thuế GTGT

Điểm mới giữa Nghị định 100/2016/NĐ-CP (quy định cũ) và Nghị định 49/2022/NĐ-CP (quy định mới):

– Quy định mới tại Nghị định số 49/2022/NĐ-CP đã gộp các trường hợp sau thành một trường hợp: 

+ Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư;

+ Cơ sở đang kinh doanh có thêm dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh/thành phố khác với tỉnh/thành phố nơi đóng trụ sở chính; 

+ CSKD đang hoạt động có dự án đầu tư cùng tỉnh/thành phố (đã được hướng dẫn tại khoản 3 Điều 1 thông tư 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016).

Theo quy định tại Nghị định 49/2022/NĐ-CP, dự án đầu tư mới của các CSKD (không phân biệt địa bàn thực hiện dự án) đều thuộc trường hợp được hoàn thuế GTGT và sẽ được hoàn thuế nếu đảm bảo đủ các điều kiện khác như dự án đầu tư chưa đi vào hoạt động, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên, …

Ngoài ra, nghị định còn hướng dẫn thêm trường hợp  dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn hoặc nhiều hạng mục đầu tư như sau: khi một giai đoạn, hạng mục đầu tư đã hoàn thành và đi vào sản xuất kinh doanh thì doanh nghiệp vẫn được hoàn thuế GTGT đối với giai đoạn, hạng mục đầu tư tiếp theo. 

Ví du: 

Năm 2022, Doanh nghiệp A có dự án đầu tư mới được chia làm 2 giai đoạn:

– Giai đoạn 1: Từ tháng 1 đến tháng 10 năm 2022, đầu tư xây dựng nhà máy, mua thiết bị phục vụ sản xuất bao bì.

– Giai đoạn 2: Từ tháng 11/2022 đến tháng 5/2023, đầu tư nhà xưởng, mua máy móc để kinh doanh ngành nghề đóng gói sản phẩm.

Tại thời điểm tháng 11/2022, giai đoạn 1 đã hoàn thành, nhà máy sản xuất đã đi vào hoạt động và phát sinh doanh thu, doanh nghiệp đang tiếp tục thực hiện đầu tư giai đoạn 2 thì kê khai riêng số thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động đầu tư và bù trừ với số thuế GTGT phải nộp từ hoạt động sản xuất kinh doanh (nếu có). Sau khi bù trừ, doanh nghiệp được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư nếu đủ điều kiện theo quy định.

Xem thêm: Thủ tục hoàn thuế GTGT mới nhất

2. Quy định về hoàn thuế GTGT dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư có điều kiện

2.1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP (quy định cũ):

Chưa quy định chi tiết về dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư có điều kiện được hoàn thuế. 

2.2 Nghị định 49/2022/NĐ-CP (quy định mới):

Đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thuộc các trường hợp sau thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư theo quy định như sau:

– Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

– Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành chưa phải đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

– Dự án đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành không phải có giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

So sánh điểm thay đổi giữa Nghị định 100/2016/NĐ-CP (quy định cũ) và Nghị định 49/2022/NĐ-CP (quy định mới):

Theo quy định cũ, cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư có điều kiện có dự án đầu tư mới phải được cấp giấy phép kinh doanh/giấy chứng nhận/văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện thì mới được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư theo quy định.

Nghị định 49/2022/NĐ-CP hướng dẫn rõ hơn các trường hợp hoàn thuế GTGT dự án đầu tư đối với cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư có điều kiện. Theo đó, cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư ngành, nghề đầu tư có điều kiện nhưng theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành chưa phải đề nghị cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép/giấy chứng nhận/văn bản xác nhận hoặc không phải có giấy phép/giấy chứng nhận/văn bản xác nhận vẫn được hoàn thuế GTGT dự án đầu tư theo quy định.

Ví dụ: 

CSKD kinh doanh dịch vụ bảo hành, bảo dưỡng ô tô chưa phải đề nghị cấp giấy giấy chứng nhận khi đang trong giai đoạn đầu tư.

CSKD sản xuất trang thiết bị y tế không phải có giấy phép/giấy chứng nhận/văn bản xác nhận kinh doanh ngành, nghề có điều kiện.

Xem thêm: Tổng hợp từ A – Z quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng

3. Quy định về các trường hợp không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế GTGT chưa khấu trừ hết sang kỳ tiếp theo

3.1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP (quy định mới):

Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

– Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư (trừ các dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện chưa phải đề nghị cấp giấy phép kinh doanh hoặc không cần đề nghị cấp giấy phép kinh doanh).

– Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận; hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.

– Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01 tháng 7 năm 2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư, trừ dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí quy định tại điểm a khoản này.

Quy định tại Nghị định 49/2022/NĐ-CP về các trường hợp không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế GTGT chưa khấu trừ hết sang kỳ tiếp theo tương tự như các văn bản pháp luật trước. Tuy nhiên, Nghị định 49/2022/NĐ-CP đã làm rõ hơn trường hợp hoàn dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa phải đề nghị cấp giấy phép kinh doanh hoặc không cần đề nghị cấp giấy phép kinh doanh không thuộc trường hợp không được hoàn thuế.

Nghị định 49/2022/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ ngày 12/9/2022, tuy nhiên quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện được áp dụng từ ngày ngày 01 tháng 7 năm 2016. Theo đó, cơ sở kinh doanh thuộc các trường hợp chưa phải đề nghị cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép/giấy chứng nhận/văn bản xác nhận hoặc không phải có giấy phép/giấy chứng nhận/văn bản xác nhận đã bị thu hồi số thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư theo quy định cũ nếu có phát sinh và đã nộp tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế thì các khoản này được coi là khoản nộp thừa. Doanh nghiệp được đề nghị hoàn nộp thừa các khoản này theo quy định hiện hành.

Như vậy, bài viết đã trình bày cơ bản sự khác biệt về quy định hoàn thuế GTGT từ dự án đầu tư theo quy định tại Nghị định số 49/2022/NĐ-CP so với quy định cũ. Hy vọng bài viết này sẽ giúp các bạn hiểu hơn về quy định hiện hành và áp dụng đúng chính sách khi làm thủ tục hoàn thuế GTGT từ dự án đầu tư. Phần mềm kế toán online MISA AMIS mang đến giải pháp quản trị tài chính kế toán tổng thể vừa đơn giản, thông minh vừa an toàn chính xác. Phần mềm cho phép kế toán doanh nghiệp:

• Hệ sinh thái kết nối: ngân hàng điện tử; Cơ quan Thuế; hệ thống quản trị bán hàng, nhân sự: giúp doanh nghiệp dễ dàng trong các nghĩa vụ thuế, hoạt động trơn tru, vận hành nhanh chóng
• Đầy đủ các nghiệp vụ kế toán: Đầy đủ 20 nghiệp vụ kế toán theo TT133 & TT200, từ Quỹ, Ngân hàng, Mua hàng, Bán hàng, Kho, Hóa đơn, Thuế, Giá thành,…
• Tự động nhập liệu: Tự động nhập liệu từ hóa đơn điện tử, nhập khẩu dữ liệu từ Excel giúp rút ngắn thời gian nhập chứng từ, tránh sai sót.
• Làm việc mọi lúc mọi nơi qua internet: giúp kế toán viên nói riêng và ban lãnh đạo doanh nghiệp nói chung có thể kịp thời đưa ra quyết định về vấn đề tài chính của doanh nghiệp.

Xem thêm Hoàn thuế GTGT bằng tiền gửi ngân hàng tại đây:

Tham khảo ngay bản demo phần mềm kế toán online MISA AMIS dùng thử miễn phí 15 ngày  để quản lý công tác kế toán hiệu quả hơn.

Dùng ngay miễn phí

Tổng hợp: Đào Thị Diệu Anh