Quy định về thanh kiểm tra thuế mới nhất, các lưu ý cần nắm

Nhằm hạn chế các hành vi vi phạm, chống thất thoát về thuế, hằng năm Cơ quan thuế luôn có các kế hoạch và thực hiện thanh tra, kiểm tra các nội dung về thuế tại các doanh nghiệp. Do đó, doanh nghiệp cần nâng cao tính tuân thủ, đảm bảo hoàn thành các nghĩa vụ về thuế theo quy định pháp luật. Hiểu rõ hơn quá trình thanh tra, kiểm tra và các vấn đề mà doanh nghiệp cần lưu ý.

1. Quy định và nội dung về thanh kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế

Theo Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023 ban hành Quy trình kiểm tra thuế, việc xây dựng kế hoạch kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện hằng năm trên cơ sở quản lý rủi ro, ứng dụng công nghệ thông tin và yêu cầu quản lý thuế trong từng thời kỳ như sau:

• Hằng năm, căn cứ yêu cầu công tác quản lý thuế, Tổng cục Thuế ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm trước ngày 15/10.
• Căn cứ văn bản hướng dẫn của Tổng cục Thuế và yêu cầu quản lý thực tế, Cục Thuế ban hành văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm trước ngày 01/11.
• Trên cơ sở văn bản hướng dẫn xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm, cơ quan thuế thực hiện phân tích, đánh giá rủi ro để xây dựng kế hoạch kiểm tra theo quy định tại Điều 19 Thông tư 31/2021/TT-BTC ngày 17/5/2021 của Bộ Tài chính về quản lý rủi ro trong quản lý thuế.
  • Trường hợp được lựa chọn thông qua phân tích, đánh giá việc tuân thủ pháp luật thuế và phân loại mức độ rủi ro của người nộp thuế chiếm không dưới 90% tổng số trường hợp thuộc kế hoạch kiểm tra hằng năm.
  • Trường hợp được lựa chọn ngẫu nhiên chiếm không quá 10% tổng số trường hợp thuộc kế hoạch kiểm tra hằng năm.
• Kế hoạch, chuyên đề kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế hằng năm, bao gồm cả trường hợp kiểm tra sau hoàn thuế, được áp dụng các ứng dụng công nghệ thông tin nhằm hỗ trợ công tác quản lý rủi ro và xây dựng kế hoạch kiểm tra.
  • Trường hợp áp dụng hoàn toàn ứng dụng công nghệ thông tin để lập kế hoạch, chuyên đề thì thực hiện theo quy trình của hệ thống.
  • Trường hợp chỉ áp dụng một phần ứng dụng công nghệ thông tin, các bước đã được hỗ trợ thực hiện theo quy trình của ứng dụng, các bước còn lại thực hiện theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế.
• Trong năm, cơ quan thuế các cấp có thể xây dựng kế hoạch kiểm tra chuyên đề phát sinh theo yêu cầu của Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp hoặc theo chỉ đạo của cơ quan thuế cấp trên.

1.1. Các đối tượng có thể thuộc trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Ngày 10/12/2025, Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam khóa XV, Kỳ họp thứ 10 đã thông qua Luật Quản lý thuế 2025 (Luật số 108/2025/QH15). Luật có hiệu lực từ 01/07/2026, trong đó quy định cụ thể về kiểm tra thuế tại doanh nghiệp (kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế).

Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế trong các trường hợp sau:

• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế.
• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với trường hợp được hoàn thuế trước, thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
• Người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.
• Trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch kiểm tra hoặc chuyên đề kiểm tra.
• Trường hợp thực hiện theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan hoặc người có thẩm quyền.
• Người nộp thuế có mức độ rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh; hoặc thuộc trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều này.
• Trường hợp kiểm tra phục vụ việc giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.
• Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.

Đồng thời, cơ quan hải quan cũng thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế đối với các trường hợp nêu trên; việc kiểm tra sau thông quan được thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan; đồng thời kiểm tra các điều kiện áp dụng chính sách thuế theo quy định pháp luật có liên quan.

Trong quá trình kiểm tra, cơ quan hải quan được thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong trường hợp cần thiết và khi vẫn còn đủ điều kiện thực hiện.

Lưu ý: Đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh, cơ quan thuế được kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm. Quy định này không áp dụng đối với trường hợp kiểm tra lại theo điểm a khoản 6 Điều này.

1.2. Thời hạn kiểm tra thuế

Theo quy định tại Luật Quản lý thuế 2025, thời hạn kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được xác định tùy theo tính chất vụ việc, quy mô hoạt động của doanh nghiệp và nhu cầu phối hợp xác minh thông tin trong từng trường hợp cụ thể. Nội dung chi tiết như sau:

• Thời hạn kiểm tra thuế không quá 20 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp cần thiết được gia hạn 01 lần, nhưng không quá 20 ngày.
• Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, thời hạn kiểm tra không quá 40 ngày kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp cần thiết được gia hạn 01 lần, nhưng không quá 40 ngày.
• Trường hợp cần thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài, thời hạn kiểm tra có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm.
• Thời hạn kiểm tra nêu trên không bao gồm thời gian tạm dừng kiểm tra theo thông báo của cơ quan quản lý thuế.

1.3. Quy trình kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp được quy định tại khoản 5 Điều 72 Thông tư 80/2021/TT-BTC. Theo đó, quy trình kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện theo các bước sau:

Bước 1: Ban hành Quyết định kiểm tra thuế

Cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra thuế đối với các trường hợp thuộc diện kiểm tra theo quy định tại Điều 110 Luật Quản lý thuế. Việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế chỉ được thực hiện khi có quyết định kiểm tra hợp lệ.

Quyết định kiểm tra được ban hành đối với các nội dung, thời kỳ có rủi ro, trừ trường hợp kiểm tra hoàn thuế. Mẫu quyết định áp dụng theo Mẫu số 04/KTT ban hành kèm Phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Thời hạn kiểm tra thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế. Trường hợp cần gia hạn, Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người có thẩm quyền để ban hành Quyết định gia hạn theo Mẫu số 05/KTT.

Bước 2: Công bố Quyết định kiểm tra và tiến hành kiểm tra

Việc kiểm tra theo Quyết định kiểm tra phải được tiến hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định, trừ trường hợp quyết định bị hủy bỏ hoặc được hoãn thời gian kiểm tra.

Khi bắt đầu kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra có trách nhiệm:

• Công bố Quyết định kiểm tra;
• Giải thích nội dung quyết định để người nộp thuế hiểu và phối hợp thực hiện;
• Lập Biên bản công bố Quyết định kiểm tra theo Mẫu số 07/KTT.

Bước 3: Hoãn hoặc tạm dừng kiểm tra khi cần thiết

Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian kiểm tra thì phải nêu rõ lý do và thời gian đề nghị hoãn.

Trường hợp cơ quan thuế có lý do bất khả kháng phải hoãn kiểm tra thì phải thông báo cho người nộp thuế trước khi hết thời hạn công bố quyết định kiểm tra theo Mẫu số 08/KTT.

Trong quá trình kiểm tra, nếu phát sinh sự kiện bất khả kháng khiến việc kiểm tra không thể tiếp tục, Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành quyết định để tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính vào thời hạn kiểm tra.

Bước 4: Điều chỉnh Quyết định kiểm tra (nếu phát sinh)

Trong quá trình kiểm tra, nếu cần thay đổi Trưởng đoàn, thành viên đoàn kiểm tra, bổ sung thành viên, bổ sung nội dung hoặc thời kỳ kiểm tra, hoặc điều chỉnh giảm phạm vi kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo người có thẩm quyền để ban hành Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra.

Việc điều chỉnh được thực hiện theo Mẫu số 09/KTT, 10/KTT, 11/KTT.

Bước 5: Lập Biên bản kiểm tra thuế

Khi kết thúc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, Đoàn kiểm tra lập dự thảo Biên bản kiểm tra theo Mẫu số 12/KTT và công bố công khai để người nộp thuế có ý kiến, giải trình.

Ý kiến giải trình của người nộp thuế (nếu có) được lưu cùng hồ sơ kiểm tra. Biên bản công khai dự thảo biên bản thực hiện theo Mẫu số 13/KTT.

Việc giải trình, hoàn thiện và ký biên bản giữa hai bên phải hoàn thành trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra.

Biên bản kiểm tra phải có chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp), ký từng trang và đóng dấu theo quy định nếu là tổ chức có con dấu riêng.

Trường hợp còn vướng mắc về chính sách cần xin ý kiến, nội dung này được ghi nhận tại biên bản. Sau khi có văn bản trả lời, cơ quan thuế lập Phụ lục biên bản theo Mẫu số 14/KTT để xử lý tiếp.

Nếu người nộp thuế không ký biên bản đúng thời hạn, Trưởng đoàn kiểm tra lập biên bản vi phạm hành chính và báo cáo người có thẩm quyền xử lý theo quy định.

Bước 6: Xử lý kết quả kiểm tra thuế

Chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo kết quả kiểm tra với lãnh đạo bộ phận kiểm tra và người ban hành quyết định kiểm tra.

Tùy theo kết quả kiểm tra:

• Nếu phát sinh xử lý về thuế hoặc xử phạt vi phạm hành chính, cơ quan thuế ban hành quyết định xử lý hoặc chuyển hồ sơ đến người có thẩm quyền xử phạt.
• Nếu không phát sinh xử lý thuế, người ban hành quyết định kiểm tra ban hành Kết luận kiểm tra theo Mẫu số 15/KTT.

Trường hợp phát hiện hành vi có dấu hiệu trốn thuế hoặc gian lận thuế, trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra, Đoàn kiểm tra phải báo cáo Thủ trưởng cơ quan thuế để xem xét thanh tra hoặc chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra theo quy định pháp luật.

Bước 7: Ghi nhận nhật ký kiểm tra điện tử

Toàn bộ quá trình kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được ghi nhận thông qua nhật ký điện tử theo quy định của cơ quan thuế.

2. Quy định và nội dung về thanh kiểm tra thuế tại trụ sở của Cơ quan thuế

2.1. Các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở của Cơ quan thuế

Căn cứ khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 (có hiệu lực từ ngày 01/7/2026), các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan quản lý thuế được quy định như sau:

• Việc kiểm tra thuế được thực hiện dựa trên hồ sơ thuế, cơ sở dữ liệu quản lý thuế và thông tin có trên Hệ thống thông tin quản lý thuế. Đối với cơ quan hải quan, trường hợp cần thiết và còn đủ điều kiện sẽ thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
• Cơ quan quản lý thuế có quyền yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, hồ sơ, tài liệu; đồng thời được ban hành quyết định ấn định thuế, xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế hoặc chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi cần thiết.
• Đối với trường hợp kiểm tra sau thông quan, việc thực hiện áp dụng theo quy định của pháp luật về hải quan.

2.2. Quy trình kiểm tra hồ sơ thuế

Theo Quyết định 970/QĐ-TCT năm 2023, việc kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế được thực hiện trên cơ sở quản lý rủi ro, kết hợp ứng dụng công nghệ thông tin và dữ liệu quản lý thuế nhằm phát hiện sai sót, dấu hiệu vi phạm và kịp thời xử lý theo quy định. Quy trình cụ thể như sau:

Phần 1: Nguyên tắc áp dụng quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin

Toàn bộ hồ sơ thuế gửi đến cơ quan thuế đều được kiểm tra theo cơ chế quản lý rủi ro, ưu tiên ứng dụng công nghệ thông tin (CNTT) theo quy định tại khoản 1 Điều 107 Luật Quản lý thuế.

• Trường hợp đã có ứng dụng CNTT hỗ trợ (toàn phần hoặc từng phần): Sử dụng ứng dụng CNTT của ngành thuế để rà soát tính phù hợp, đầy đủ, chính xác của thông tin và chứng từ trong hồ sơ; đồng thời đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế (NNT), từ đó phát hiện rủi ro và sai phạm.
• Trường hợp chưa có ứng dụng CNTT hỗ trợ: Tiến hành kiểm tra trực tiếp hồ sơ thuế, đối chiếu với quy định pháp luật hiện hành để đánh giá các nội dung tương tự như trên.

Phần 2: Lập kế hoạch kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế

Bước 1: Lựa chọn NNT để lập kế hoạch kiểm tra hồ sơ thuế hằng năm

a) Lựa chọn qua kết quả phân tích rủi ro bằng ứng dụng (TPR và các ứng dụng khác):

• Từ danh sách NNT được phân tích rủi ro qua ứng dụng, loại trừ những NNT đã nằm trong kế hoạch thanh tra, kiểm tra hoặc chuyên đề thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT.
• Công chức thuế được giao nhiệm vụ sẽ phân tích các tiêu chí rủi ro để chọn NNT đưa vào kế hoạch kiểm tra, theo tỷ lệ phần trăm trên tổng số NNT rủi ro cao còn lại.
• Thứ tự ưu tiên: rủi ro cao trước, kết hợp xem xét NNT đã quá 5 năm chưa được thanh tra, kiểm tra.
• Tổng cục Thuế quy định tỷ lệ lựa chọn hằng năm phù hợp với yêu cầu thực tế.
• Nếu sử dụng nhiều ứng dụng cho kết quả chấm điểm khác nhau, thì lấy các kết quả rủi ro cao từ từng ứng dụng để tổng hợp danh sách.

b) Lựa chọn qua thực tế quản lý thuế:

• Công chức thuế lập danh sách NNT có dấu hiệu rủi ro cao, khai sai số thuế phải nộp dựa trên kinh nghiệm và thực tế quản lý.

c) Nguyên tắc không trùng lặp:

• Danh sách NNT kiểm tra hồ sơ thuế tại trụ sở cơ quan thuế không được trùng với danh sách thuộc kế hoạch thanh tra, kiểm tra, chuyên đề thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT của cơ quan thuế và cơ quan quản lý cấp trên.

Bước 2: Trình duyệt danh sách

• Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình danh sách lên Thủ trưởng cơ quan thuế trước ngày 25/12 hằng năm (theo mẫu số 01/QTKT).
• Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt danh sách trước ngày 30/12 hằng năm.
• Danh sách có thể được điều chỉnh, bổ sung tùy theo thực tế phát sinh, phát hiện vi phạm tại địa phương hoặc khi chạy lại ứng dụng hỗ trợ. Việc điều chỉnh do Thủ trưởng cơ quan thuế trực tiếp quản lý quyết định.

Bước 3: Phân công kiểm tra

• Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt phân công danh sách cho từng Tổ kiểm tra thuế.
• Mỗi Tổ kiểm tra gồm tối thiểu 02 người/01 Tổ/01 NNT.
• Nhân sự Tổ kiểm tra có thể thay đổi theo tình hình thực tế.

Phần 3: Trình tự kiểm tra

A. Kiểm tra theo kế hoạch được duyệt

Bước A.1: Kiểm tra hồ sơ thuế

Tổ kiểm tra tiến hành rà soát các nội dung rủi ro cao đã được phân tích khi lập kế hoạch, bằng phương pháp đối chiếu, so sánh như sau:

Kết thúc kiểm tra, Tổ kiểm tra lập Phiếu nhận xét hồ sơ thuế (mẫu số 02/QTKT):

• Hồ sơ chưa phát hiện rủi ro: Lập danh sách kèm phiếu nhận xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế duyệt lưu hồ sơ.
• Hồ sơ có rủi ro: Chuyển sang Bước A.2.

(Nếu ứng dụng hỗ trợ, thực hiện in nhận xét trực tiếp trên ứng dụng.)

Bước A.2: Xử lý kết quả kiểm tra và ban hành thông báo lần 1

• Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế đối với hồ sơ có rủi ro (mẫu số 03/QTKT).
• Trên cơ sở Quyết định đó, Tổ kiểm tra báo cáo để Thủ trưởng cơ quan thuế ra Thông báo lần 1 (mẫu 01/KTT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC), yêu cầu NNT giải trình, bổ sung thông tin tài liệu về các nội dung rủi ro.

B. Kiểm tra theo ứng dụng hỗ trợ kiểm tra toàn bộ

Bước B.1: Kiểm tra hồ sơ thuế bằng ứng dụng

• Chậm nhất 25 ngày sau ngày kết thúc hạn nộp hồ sơ thuế, công chức thuế sử dụng phần mềm ứng dụng để kiểm tra và lập danh sách NNT rủi ro cao.
• Kết thúc kiểm tra mỗi hồ sơ, phải in Phiếu nhận xét hồ sơ thuế (mẫu số 02/QTKT) đối với hồ sơ rủi ro cao.
• Nếu sau khi đối chiếu thêm với chính sách thuế, hồ sơ liên quan và thực tế quản lý mà xét thấy không rủi ro hoặc rủi ro không cao, công chức ghi nhận xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế lưu hồ sơ và chịu trách nhiệm về kết quả.

Bước B.2: Xử lý kết quả và xác định trường hợp ra thông báo lần 1

• Hồ sơ có tổng điểm rủi ro cao được đưa vào danh sách kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.
• Danh sách này độc lập với danh sách kiểm tra theo kế hoạch năm, nhưng cần kết hợp rà soát để tránh trùng lặp. Thứ tự ưu tiên khi trùng:

• Danh sách phải được Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế ký duyệt (mẫu 01/QTKT), đồng thời ban hành Quyết định giao nhiệm vụ (mẫu 03/QTKT).
• Tổ kiểm tra báo cáo để ra Thông báo lần 1 (mẫu 01/KTT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC), yêu cầu NNT giải trình, bổ sung thông tin tài liệu.

Phần 4: Xử lý kết quả kiểm tra hồ sơ thuế

Bước 1: Xử lý khi ban hành thông báo lần 1

Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế gồm:

• Tờ trình kèm theo
• Dự thảo Thông báo lần 1 (mẫu 01/KTT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC)
• Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra hồ sơ thuế
• Bản nhận xét hồ sơ thuế
• Hồ sơ thuế

Thời hạn giải trình: NNT phải giải trình, bổ sung thông tin tài liệu trong thời hạn không quá 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành thông báo.

• Hình thức giải trình:
• Trực tiếp tại trụ sở cơ quan thuế
• Làm việc trực tuyến, giao dịch điện tử
• Gửi văn bản qua đường bưu điện

(Nếu giải trình trực tiếp hoặc trực tuyến, Tổ kiểm tra phải lập Biên bản làm việc theo mẫu 02/KTT – Thông tư 80/2021/TT-BTC.)

Kết quả xử lý sau thông báo lần 1:

• NNT giải trình, bổ sung đầy đủ và chứng minh được số thuế đã khai là đúng: Hồ sơ được chấp nhận, Tổ kiểm tra báo cáo trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt lưu hồ sơ.
• NNT giải trình nhưng chưa đủ căn cứ chứng minh, hoặc có nội dung cần làm rõ thêm, hoặc hết hạn mà không giải trình: Chuyển sang ban hành thông báo lần 2.

Bước 2: Xử lý khi ban hành thông báo lần 2

Hồ sơ trình Thủ trưởng cơ quan thuế gồm:

• Tờ trình kèm theo
• Dự thảo Thông báo lần 2 (mẫu 03/KTT theo Thông tư 80/2021/TT-BTC)
• Bản giải trình, thông tin tài liệu NNT đã bổ sung theo Thông báo lần 1 hoặc Biên bản làm việc (nếu giải trình trực tiếp)
• Toàn bộ hồ sơ đã trình theo Thông báo lần 1

Quyền của NNT khi nhận thông báo lần 2:

• Tiếp tục giải trình, cung cấp thêm tài liệu
• Tự giác khai bổ sung hồ sơ thuế và tự chịu trách nhiệm

Thời hạn: 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành Thông báo lần 2.

Lưu ý: Cơ quan thuế chỉ được thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin tài liệu tối đa 02 lần.

Kết quả xử lý sau thông báo lần 2:

• NNT giải trình, bổ sung đầy đủ và chứng minh được số thuế đã khai là đúng: Hồ sơ được chấp nhận, trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt lưu hồ sơ.
• NNT giải trình, bổ sung nhưng đủ căn cứ xác định có hành vi vi phạm hành chính về thuế: Tổ kiểm tra lập Biên bản vi phạm hành chính và xử lý theo quy định.
• NNT không giải trình theo cả Thông báo lần 1 và lần 2: Tổ kiểm tra tiến hành xác minh địa điểm đăng ký kinh doanh và xử lý theo quy định.
• Hết hạn Thông báo lần 2 mà NNT không giải trình (nhưng xác minh vẫn hoạt động tại địa chỉ đăng ký), hoặc không khai bổ sung, hoặc giải trình nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng, xử lý theo một trong các phương án:

Bước 3: Xử lý trường hợp NNT xin hoãn giải trình vì lý do bất khả kháng

• Khi NNT có văn bản đề nghị hoãn thời gian giải trình, bổ sung thông tin tài liệu vì lý do bất khả kháng (áp dụng cho cả Thông báo lần 1 và lần 2):
  • Tổ kiểm tra xem xét, báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế quyết định việc hoãn dựa trên thực tế lý do bất khả kháng.
  • Thông báo hoãn theo mẫu số 04/QTKT.

3. Nguyên tắc kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế từ 1/7/2026

Theo khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, từ ngày 01/7/2026, việc kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được thực hiện theo các nguyên tắc sau:

• Áp dụng quản lý rủi ro và tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin trong hoạt động kiểm tra thuế; đồng thời ưu tiên phương thức kiểm tra trực tuyến, kiểm tra từ xa trên cơ sở dữ liệu điện tử.
• Bảo đảm tuân thủ đúng quy định của pháp luật và không làm cản trở hoạt động sản xuất, kinh doanh bình thường của người nộp thuế.
• Việc kiểm tra thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác, trung thực trong việc kê khai, nộp thuế và mức độ chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế.
• Hoạt động kiểm tra thuế của cơ quan thuế không được trùng lặp về nội dung, phạm vi và thời gian với hoạt động thanh tra, kiểm tra của cơ quan khác hoặc Kiểm toán nhà nước, trừ trường hợp có bằng chứng hoặc căn cứ về vi phạm cần tiến hành kiểm tra lại.
• Việc kiểm tra đối với giao dịch liên kết được thực hiện theo nguyên tắc giao dịch độc lập và căn cứ vào bản chất kinh tế của hoạt động, giao dịch phát sinh để xác định nghĩa vụ thuế tương ứng với giá trị thực tế tạo ra. Các giao dịch liên kết không tuân thủ nguyên tắc giao dịch độc lập làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp sẽ không được công nhận.

4. Doanh nghiệp cần chuẩn bị những gì trước khi thanh tra/kiểm tra

Việc chuẩn bị kỹ lưỡng trước khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra sẽ giúp doanh nghiệp chủ động ứng phó, giảm thiểu rủi ro bị truy thu, phạt và xử lý vi phạm. Dưới đây là những nội dung trọng yếu cần rà soát:

1. Rà soát và hoàn thiện hồ sơ, sổ sách kế toán

Doanh nghiệp cần kiểm tra toàn bộ hệ thống sổ sách kế toán, đảm bảo tính đầy đủ, chính xác và khớp số liệu giữa sổ cái, sổ chi tiết, bảng cân đối phát sinh. Chứng từ gốc bao gồm hóa đơn đầu vào, đầu ra, phiếu thu, phiếu chi, giấy báo nợ/có ngân hàng, hợp đồng kinh tế… cần được sắp xếp theo thứ tự thời gian, đầy đủ và hợp lệ. Báo cáo tài chính phải được lập đúng, đủ các biểu mẫu theo quy định (Bảng cân đối kế toán, Báo cáo kết quả kinh doanh, Báo cáo lưu chuyển tiền tệ, Thuyết minh BCTC).

2. Đối chiếu tờ khai thuế với sổ sách

• Tờ khai thuế GTGT: Đối chiếu doanh thu kê khai với sổ sách, hóa đơn đầu ra; thuế đầu vào khấu trừ với hóa đơn đầu vào hợp lệ.
• Tờ khai thuế TNDN: Kiểm tra các khoản chi phí được trừ/không được trừ, chuyển lỗ, ưu đãi thuế.
• Tờ khai thuế TNCN: Rà soát bảng lương, hợp đồng lao động, chứng từ khấu trừ thuế TNCN, đăng ký người phụ thuộc.
• Các tờ khai khác (nếu có): Thuế nhà thầu, thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường…

3. Kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Đây là nội dung có thay đổi rất quan trọng. Từ ngày 01/7/2025, theo Luật Thuế GTGT 2024 và Nghị định 181/2025/NĐ-CP, ngưỡng hóa đơn yêu cầu có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đã giảm từ 20 triệu đồng xuống chỉ còn 5 triệu đồng. Cụ thể, đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả nhập khẩu) có trị giá từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT) phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT.

Doanh nghiệp cần:

• Tra cứu trạng thái hóa đơn đầu vào trên hệ thống của cơ quan thuế, đảm bảo không có hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, mất tích hoặc hóa đơn đã bị xử lý.
• Kiểm tra hóa đơn có đúng tên, mã số thuế, địa chỉ, nội dung hàng hóa/dịch vụ phù hợp với thực tế giao dịch.
• Đối với hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên, chuẩn bị sẵn chứng từ thanh toán qua ngân hàng hoặc các hình thức thanh toán không dùng tiền mặt hợp lệ khác (chuyển khoản, ví điện tử, bù trừ công nợ có biên bản…).

4. Chuẩn bị hồ sơ pháp lý doanh nghiệp

Bao gồm: Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (bản mới nhất), Điều lệ công ty, các quyết định bổ nhiệm/phân công (Giám đốc, Kế toán trưởng…), giấy phép con hoặc giấy phép kinh doanh ngành nghề có điều kiện (nếu có).

5. Rà soát các khoản chi phí trọng yếu

Doanh nghiệp nên tập trung kiểm tra kỹ các khoản mục thường bị cơ quan thuế chú ý:

• Chi phí tiền lương: Hợp đồng lao động, bảng chấm công, bảng lương, chứng từ trả lương qua ngân hàng, quy chế lương thưởng.
• Chi phí khấu hao TSCĐ: Biên bản giao nhận, hồ sơ nguồn gốc tài sản, bảng tính khấu hao, đăng ký phương pháp khấu hao.
• Chi phí nguyên vật liệu: Phiếu nhập kho, xuất kho, định mức tiêu hao, bảng kê tồn kho.
• Chi phí dịch vụ mua ngoài: Hợp đồng, biên bản nghiệm thu, hóa đơn, chứng từ thanh toán.
• Chi phí quảng cáo, khuyến mại: Hồ sơ chương trình, thể lệ, chứng từ liên quan, giới hạn mức chi theo quy định.
• Chi phí lãi vay: Hợp đồng vay, khế ước, chứng từ trả lãi, kiểm tra trần lãi suất nếu thuộc diện giao dịch liên kết.

6. Kiểm tra nghĩa vụ thuế đã thực hiện

Rà soát xem có tờ khai nào chưa nộp hoặc nộp chậm không, kiểm tra số thuế còn nợ, tiền phạt chậm nộp (nếu có) và chủ động nộp bổ sung trước khi bị kiểm tra. Nếu phát hiện sai sót, doanh nghiệp nên chủ động khai bổ sung trước khi cơ quan thuế ra thông báo hoặc quyết định kiểm tra, vì điều này sẽ giúp giảm nhẹ mức xử phạt.

7. Lưu ý đặc biệt với giao dịch liên kết

Nếu doanh nghiệp có giao dịch liên kết, cần chuẩn bị:

• Mẫu kê khai thông tin giao dịch liên kết theo Phụ lục I (đã được thay thế bằng Phụ lục mới theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP).
• Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (nếu thuộc diện phải lập).
• Nếu doanh nghiệp có quan hệ liên kết với bên khác, chi phí lãi vay sau khi trừ lãi tiền gửi vẫn bị khống chế không quá 30% EBITDA theo Điều 16 Nghị định 132/2020/NĐ-CP.
• Tuy nhiên, theo Nghị định 20/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ 27/3/2025, áp dụng từ kỳ tính thuế 2024), nếu doanh nghiệp và ngân hàng không có kiểm soát, góp vốn đầu tư với nhau thì chi phí lãi vay từ năm 2024 trở đi không bị khống chế 30% EBITDA.

8. Chuẩn bị về nhân sự và phối hợp

Doanh nghiệp nên phân công người đại diện làm việc với đoàn kiểm tra (thường là Kế toán trưởng hoặc Giám đốc), chuẩn bị phòng làm việc riêng cho đoàn kiểm tra (nếu kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp), và thống nhất nội bộ về các nội dung trọng yếu, các vấn đề có thể phát sinh để có phương án giải trình nhất quán.

Như vậy, có thể thấy rằng nếu doanh nghiệp nắm bắt và hiểu rõ quy trình thanh tra, kiểm tra thuế có thể giúp cho doanh nghiệp chủ động hơn trong quá trình làm việc, cung cấp thông tin cũng như giải trình đúng với Cơ quan thuế.

Kết luận

MISA AMIS hy vọng nội dung trên là hữu ích, rõ ràng và góp phần hỗ trợ bạn đọc hiểu rõ các quy định về thanh tra, kiểm tra thuế cũng như những nội dung tổng hợp kinh nghiệm, chia sẻ… giúp các bạn thực hiện đúng các thủ tục và hoàn thành trách nhiệm trong suốt quá trình chuẩn bị trước, trong và sau thanh tra, kiểm tra thuế tại đơn vị.

Bên cạnh tổng hợp các kiến thức hữu ích về kế toán để giúp kế toán doanh nghiệp dễ dàng tìm hiểu trong quá trình công tác, MISA đồng thời phát triển phần mềm kế toán mang đến giải pháp quản trị tài chính kế toán tổng thể vừa đơn giản, thông minh vừa an toàn chính xác. Anh/Chị kế toán doanh nghiệp hãy đăng ký phần mềm kế toán online MISA AMIS để thực tế trải nghiệm một giải pháp với nhiều tính năng, tiện ích như:

• Hệ sinh thái kết nối: ngân hàng điện tử; Cơ quan Thuế; hệ thống quản trị bán hàng, nhân sự: giúp doanh nghiệp dễ dàng trong các nghĩa vụ thuế, hoạt động trơn tru, vận hành nhanh chóng
• Đầy đủ các nghiệp vụ kế toán: Đầy đủ 20 nghiệp vụ kế toán theo TT199 & TT133, từ Quỹ, Ngân hàng, Mua hàng, Bán hàng, Kho, Hóa đơn, Thuế, Giá thành,…
• Tự động nhập liệu: Tự động nhập liệu từ hóa đơn điện tử, nhập khẩu dữ liệu từ Excel giúp rút ngắn thời gian nhập chứng từ, tránh sai sót.
• Làm việc mọi lúc mọi nơi qua internet: giúp kế toán viên nói riêng và ban lãnh đạo doanh nghiệp nói chung có thể kịp thời đưa ra quyết định về vấn đề tài chính của doanh nghiệp.
• ….

Tham khảo ngay bản demo phần mềm kế toán online MISA AMIS dùng thử miễn phí 15 ngày để quản lý công tác kế toán hiệu quả hơn!